С одобрения Петра Мазепа строил крепости против татар и заодно против запорожцев. Перед казаками он не заискивал и даже опасался их, понимая, что без Москвы ему не удержать гетманскую булаву. Казаки не любили его. «Еще такого нежелательного гетмана у нас не было, – говорил кошевой Гордеенко, – був еси нам перше [прежде] батьком, теперь стал витчимом».
Мазепа отдавал себе отчет в том, что самостоятельная малороссийская политика была осуществима только в согласии с Москвой. Он слишком хорошо знал Украину, чтобы верить в «Речь Посполитую Украинскую», а его практический ум слишком хорошо понимал, что Петр, вытягивая Россию из национальной ограниченности и отсталости, одновременно поднимает на уровень цивилизованного государства и Малороссию.
Начало Северной войны и особенно поражение под Нарвой, видимо, стали первым серьезным испытанием его верности Петру. Казачество уже давно глухо волновалось. Еще в 1698 году Иван Степанович писал в Москву: «В продолжение 12-ти лет с начала моего гетманства, я совершил 11 летних и 12 зимних походов, и не трудно всякому рассудить, какие трудности, убытки и разорения от этих беспрестанных походов терпит Войско Запорожское и вся Малая Россия». Теперь же казаков отправляли и вовсе на край света, и они должны были содержать себя там за свой счет. К тому же им чинились постоянные обиды. «Хотя по царскому указу, – писали казаки Мазепе из Прибалтики, – нам и дано ржаной муки по три и по четыре шапки на человека в месяц, однако дано меньше, чем полагается солдатам. Можно ли прожить этим провиантом, без соли, без крупы и сала! Купить не на что. Наши лошади шестимесячным походом и скудостью кормов так истощены, что не на чем служить; а, самое главное, чуть ли не все казаки голы и босы. Взятые из дому… сапоги и шапки подрались, кожухов и не вспоминай, а новых не на что купить».