После пятого заседания барон де Рэ, отвергавший возводимые на него обвинения, был подвергнут пытке, после чего сознался «добровольно и свободно» (формулировка суда). Духовные суды завершились решением о передаче барона светским властям для наказания. Тем временем гражданский суд под председательством канцлера бретонского парламента снова предъявил обвинение в убийстве (чего не могли сделать церковные суды) и вскоре осудил маршала и за это преступление. Но судьи продолжали настаивать, что подсудимый что-то скрывает, и продолжали терзать его пытками. Наконец доведенный до отчаяния маршал воскликнул: «Разве не возвел я на себя таких преступлений, которых хватило бы, чтобы осудить на смерть две тысячи человек!»
В итоге «объективный и беспристрастный» суд признал барона де Рэ «еретиком, вероотступником, вызывателем демонов, повинным в преступлениях и противоестественных пороках и осквернении неприкосновенности святой церкви» и приговорил к смерти через повешение с последующим сожжением трупа.
Разбирательство по делу де Рэ даже его современникам казалось незаконным. Ни один из пяти тысяч слуг барона не был вызван в суд для дачи показаний, а его приближенные подвергались жестоким пыткам, в результате которых двое соратников умерли.
Чтобы барон не отрекся от сделанного в минуту отчаяния признания, ему была обещана «милость» в виде удушения перед сожжением. Один уважаемый хронист высказался так: «Большинство дворян Бретани, особенно те, что находились с ним в родстве, пребывало в величайшей печали и смущении от его позорной смерти. До этих событий он был более знаменит как доблестнейший из рыцарей».
Заставляет насторожиться странный факт: когда «садиста и детоубийцу» вели на казнь, его приветствовала толпа. А за гробом «страшного преступника» шла, рыдая от горя, его жена – Катрин де Туар, все эти годы жившая с ним в любви и согласии.
Основные свидетели на суде, некие Анри Гриар и Пуату, путались в числе якобы убитых бароном детей: в протоколах суда зафиксированы цифры 140, 499 и 800. Однако ни в замках маршала, ни в указанных свидетелями местах захоронения не нашли ни одного трупа. Доказаны были лишь занятия барона алхимией.
До сих пор историки спорят о том, был ли виноват Жиль де Рэ в тех злодеяниях, которые инкриминировала ему инквизиция, стремившаяся заполучить его богатства.