«Товарищи и граждане! Наша страна переживает тяжёлый момент. Голод, холод, хозяйственная разруха держат нас в железных тисках вот уже три года. Коммунистическая партия, правящая страной, оторвалась от масс и оказалась не в состоянии вывести её из состояния общей разрухи. С теми волнениями, которые последнее время происходили в Петрограде и Москве и которые достаточно ярко указали на то, что партия потеряла доверие рабочих масс, она не считалась. Не считалась и с теми требованиями, которые предъявлялись рабочими. Она считает их происками контрреволюции. Она глубоко ошибается. Эти волнения, эти требования – голос всего народа, всех трудящихся».
Третьего марта Петроград и Петроградская губерния были объявлены на осадном положении. Начались аресты заложников. Арестована была и семья бывшего генерала Козловского, командовавшего артиллерией крепости. Через несколько дней 7-я армия под командованием М. Тухачевского начала осаду Кронштадта. С. М. Петриченко, которому удалось избежать ареста и расстрела, впоследствии писал: «Стоя по пояс в крови трудящихся, кровавый фельдмаршал Троцкий первый открыл огонь по революционному Кронштадту, восставшему против владычества коммунистов для восстановления подлинной власти Советов».
Первый штурм был отбит. Во втором штурме приняли участие делегаты только что открывшегося в Москве X съезда РКП(б). Среди них были комиссары Конев и Фадеев. Конев, как артиллерист, во время штурма находился на косе Лисий Нос, где была установлена батарея тяжёлых орудий. Батарея вела огонь по крепости, поддерживая атаку ударного коммунистического батальона, в котором было много делегатов съезда. Большинство восставших погибли. Около восьми тысяч ушли по льду в Финляндию. Остальные сдались и ответили за всех: 2103 человека были расстреляны. Репрессии органов ЧК в отношении участников мятежа были очень жестокими. Потери среди штурмовавших крепость тоже оказались большими. Сейчас в Санкт-Петербурге рядом с Троицким собором Александро-Невской лавры находится братская могила, на плите надпись: «Памяти жертв Кронштадтского мятежа. 1921».
После возвращения из Москвы Конев был снова направлен на Дальний Восток, но теперь уже на должность комиссара штаба Народно-революционной армии Дальневосточной республики. Штаб НРА ДВР находился в Чите. Летом 1921 года в должность командующего войсками ДВР вступил Василий Константинович Блюхер.