Возможно, что Департаменту военной контрразведки просто повезло, потому что руководителями ВКР стали сначала генерал-полковники Алексей Алексеевич Моляков и Александр Георгиевич Безверхний. Моляков в трудные для российской контрразведки девяностые годы сумел сохранить в Управлении опытные кадры и лучшее, что было в советской контрразведке – традиции высокого профессионализма, патриотизма и самоотверженности в работе, а Безверхний, продолжив эти традиции, смог адаптировать особистов к сложным политическим реалиям новой России, и это дело успешно продолжает.
Ведь сразу после ГКЧП, при отсутствии четкого определения главного противника, контрразведка вынуждена была заниматься экономическими преступлениями, а затем борьбой с терроризмом (абстрактным международным и реальным внутренним). Но и в такой обстановке военная контрразведка постепенно стала активнее бороться с подрывной деятельностью иностранных спецслужб против Вооруженных сил России, особенно со шпионажем…
Не случайно именно в это время лозунгом деятельности «новых» особистов стало выражение «Без разведки армия слепа, без контрразведки – беззащитна». Об этом нередко откровенно говорилось в кабинетах на Лубянке, об этом писали в настенных календарях, на которых здание на Лубянке неизменно изображалось с памятником Дзержинскому на площади.
Это было не шуткой и не примитивной фрондой, это отражало глубинное понимание оперативниками смысла их деятельности. Пока существует Родина – Россия, пока есть армия, военные контрразведчики вместе с армией – в Москве и в самых отдаленных гарнизонах, с пограничниками на границах, с внутренними войсками МВД в горячих точках. Они всегда рядом для защиты армии и обеспечения безопасности государства от шпионов и террористов, от проникновения в ряды военнослужащих организованной преступности, коррупционеров и казнокрадов…
Представители Первого отдела, ставшего в эти годы Первой службой Департамента военной контрразведки, несмотря на сложную внутриполитическую ситуацию в стране, продолжали защищать Генштаб и ГРУ от проникновения шпионов, чему серьезно препятствовал разброд в руководстве страны и частая смена министров обороны и руководства Генштаба.
Первым начальником Службы стал генерал Леонид Шидловский, который был одним из ветеранов Первого отдела и хорошо знал специфику оперативной работы в Генеральном штабе и особенности взаимодействия с руководством Министерства обороны. С 1991 по 2000 год министрами обороны были – маршал Язов, генерал армии Кобец, генерал-полковник Шапошников, президент Ельцин, генерал армии Грачев, генерал-полковник Родионов.