В апреле 1997 года в отношении Кобеца возбуждено уголовное дело по признакам получения взятки, злоупотребления служебным положением и незаконного хранения оружия. В мае 1997 года арестован и помещен в Лефортово. В 1998 году освобожден под подписку о невыезде. В 2000 году его дело прекращено по амнистии, после чего Кобец заявил о недействительности сделанного им ранее признания своей вины.
Не без помощи Кобеца и Баранников на политической арене в окружении Ельцина появился проходимец Дима Якубовский. Всего за полгода при помощи Кобеца и Шумейко он из капитана запаса превратился в полковника, занимавшего должность заместителя директора ФАПСИ, а с осени 1992 года – полномочного представителя правоохранительных органов, специальных и информационных служб в Правительстве России.
Потом карьере Якубовского способствовали Шумейко и Самойлов, а полковник Дима помогал разработать и реализовать схемы оптимизации валютных поступлений от российского экспорта оружия. Схемы просуществовали недолго – когда министр внешних экономических связей Глазьев уволил своего заместителя Шумейко, курировавшего торговлю оружием, и директора «Оборонэкспорта» Караогланова, то Самойлову и Якубовскому пришлось искать новые места работы.
Полковник Дима уже готовился стать куратором ряда спецслужб России и получить звание генерала. Вопрос о его назначении был согласован с Гайдаром, Шумейко, Ериным, Кокошиным, Баранниковым и Примаковым. Однако в последний момент председатель Совета безопасности Скоков возмутился и пресек карьерный рост Димы.
11 декабря 1994 года было объявлено, что из отдела рукописей Российской национальной библиотеки в Санкт-Петербурге были похищены уникальные манускрипты VII–IX веков стоимостью около 140 миллионов долларов. На объявление о пропаже откликнулись супруги Горенбург. Но, несмотря на собранные российским следствием доказательства, Израиль и Швейцария подозреваемых в краже рукописей не выдали. Российским правоохранительным органам пришлось обращаться к полиции Канады, где проживал Дмитрий Якубовский, которому за невозврат долга в два миллиона долларов грозил суд…
Кроме Якубовского, немало тех, кто в девяностые годы рвался в политику и бизнес, но оказывался в Бутырках и Лефортове или находился под следствием. Там два года пробыл и.о. генпрокурора Илюшенко, обвинявшийся во взяточничестве и злоупотреблении служебным положением. Также два года отсидел председатель совета директоров Красноярского алюминиевого завода Быков. Девять месяцев, до объявления амнистии, в Лефортово находился и бывший замминистра обороны, главный военный инспектор генерал армии Кобец.