Особенно сильно возросли репрессии, когда дополнительно к проводимым массовым операциям в краях и областях была спущена директива о репрессировании инонациональностей, подозрительных по шпионажу, связям с консульствами иногосударств, перебежчиков. В Ленинградской и Свердловской областях, Белорусской ССР, на Украине стали арестовывать коренных жителей СССР, обвиняя их в связях с иностранцами. Нередки были случаи, когда никаких данных о подобной связи не было.
Дела по этим операциям рассматривались в Москве специально созданной «тройкой». Председателями тройки были: вначале – В. Цесарский (с июля 1937 по март 1938 года он подписывал расстрельные списки, направлявшиеся на подпись И. Сталину и другим членам Политбюро), а затем – Исаак Шапиро (за его подписью отправлялись на утверждение в ЦК ВКП(б) сводные списки лиц, подлежащих суду Военной Коллегии Верховного Суда).
Принятое Н. Ежовым и Е. Евдокимовым решение о необходимости отвести удар от своих кадров-заговорщиков, путём перенесения удара на честные, преданные правительству и партии кадры, практически нашло свое выражение в преступном проведении ими карательной политики.