К должностям штабного и служебного характера относились окольничие и причетники в Короне и в Литве. В их обязанности, выполняемые только во время военных действий, входили разбивка военных лагерей, поддержание порядка в лагере и заведование обозами.
На время похода гетман также назначал несколько судей, по 1–2 от каждой нации. Роль жандармерии выполнял профос со своими помощниками и палачом.
Также следует упомянуть старшего над пушками кварцяного войска, чиновников, распределявших войска по квартирам, главного хирурга, проповедников и т. д.[9]
В рассматриваемом периоде посты занимали:
великий коронный гетман – Николай Мелецкий (1579) – Ян Замойский (1581–1605);
великий гетман литовский – Николай Радзивилл «Рыжий» (1576–1582) – Кшиштоф Радзивилл «Перун» (1589–1603);
полевой гетман короны – Николай Сенявский (1575–1584) – Станислав Жолкевский (1588–1618);
полевой гетман литовский – Кшиштоф Радзивилл «Перун» (1572–1589);
ливонский гетман – Ян Ходкевич (1566–1578), Георг Фаренсбах (1583–1602);
придворный гетман короны – Ян Зборовский (1576–1582);
казачий гетман – Михаил Вишневецкий (1578–1584)[10].
Как и в предыдущий период, на ротмистре лежала ответственность за своевременный сбор хоругви в соответствии с условиями, изложенными в листе пшиповедном, а также за дисциплину и обучение солдат. Из-за задержек со сбором утвержденных налогов возникли трудности с выплатой аванса за экипировку и своевременной выплатой жалованья. В такой ситуации ротмистр был вынужден выдавать солдатам из собственных средств пособия на оплату их службы, которые впоследствии вычитал из жалованья. По этой причине король обычно назначал ротмистром не просто опытного воина, но того, у кого было много денег.
Помимо ротмистра, командный состав хоругви состоял из его заместителей – лейтенанта («capitaneus») и прапорщика («vexillifer»). Лейтенант либо помогал командиру в выполнении его обязанностей, либо выполнял их полностью сам. Очень часто он фактически командовал ротой, выполняя различные боевые задачи. Однако звание ротмистра нельзя считать номинальным. В важных боевых действиях ротмистры обычно находились рядом со своими хоругвями и непосредственно командовали ими в бою. Лейтенанты замещали их, например, когда хоругвь стояла в охранении или когда находилась на отдыхе. В последних случаях ротмистры в основном разъезжались по домам. Прапорщик отвечал за штандарт хоругви