➢ 7‑е Управление (наружное наблюдение и охрана дипкорпуса),
➢ 8‑е Главное управление (шифровально-дешифровальное),
➢ 9‑е Управление (охрана руководителей партии и правительства),
➢ ОТУ (оперативно-техническое управление),
➢ Управление кадров,
➢ Следственный отдел,
➢ УАО (учётно-архивный отдел),
➢ ГУПВ (Главное управление пограничных войск),
➢ ХОЗУ (хозяйственное управление),
➢ ОПС (отдел правительственной связи),
➢ ФПО (финансово-плановый отдел),
➢ Моботдел,
➢ Секретариат КГБ при СМ СССР,
➢ Группа при председателе КГБ при СМ СССР по изучению и обобщению опыта работы органов госбезопасности и данных о противнике (создана 23 июня 1959 года вместо упраздненной Инспекции при председателе КГБ при СМ СССР).
9 января 1959 года Президиум ЦК КПСС утвердил «Положение о Комитете государственной безопасности при Совете Министров СССР и его органах на местах», которому был присвоен гриф «Строго секретно». Согласно этому положению, КГБ провозглашался политическим органом, работающим под полным контролем ЦК КПСС. В частности, в Положении говорилось:
1. Комитет государственной безопасности при Совете Министров СССР и его органы на местах являются политическими органами, осуществляющими мероприятия Центрального Комитета партии и Правительства по защите Социалистического государства от посягательств со стороны внешних и внутренних врагов, а также по охране государственной границы СССР.
…3. Комитет государственной безопасности работает под непосредственным руководством и контролем Центрального Комитета КПСС. Комитет госбезопасности при СМ СССР несет ответственность за обеспечение государственной безопасности в стране и систематически отчитывается о всей проводимой им работе перед ЦК КПСС и Советом Министров СССР.
Задачи и обязанности Комитета государственной безопасности при Совете Министров СССР и его органов на местах:
…7. На Комитет государственной безопасности при Совете Министров СССР и его местные органы возлагаются:
а) разведывательная работа в капиталистических странах;
б) борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведывательных органов, зарубежных антисоветских центров и с их агентурой внутри страны;
в) борьба с вражеской деятельностью антисоветских и националистических элементов внутри СССР;