В это время французская республиканская армия приблизилась со стороны Марселя; и 31 августа ее авангард был разбит британцами и испанцами под командованием капитана Эльфинстоуна и отброшен от Оллиуля.
В сентябре армия Карто с запада и Лапуапа с востока собрались вокруг города и постоянно раздражали союзников, чьи трудности усугублялись беспокойным поведением французских моряков из экипажей кораблей в гавани. 14 сентября Худ депортировал их, отправив под белыми флагами на французских 74-пушечных кораблях «Orion», «Apollon», «Patriote» и «Entreprenant», первый из которых отправился в Рошфор, второй – в Лорьян, а третий и четвертый – в Брест. Он также отправил в Бордо бриг «Pluvier» (16).
18 сентября республиканцы открыли огонь по британским кораблям двумя замаскированными батареями на северо-западе внутреннего рейда.
19 сентября они открыли огонь орудиями еще одной батареи. «Сент Джордж» (98) с канонерскими лодками вступили в перестрелку с береговыми батареями, однако кпоследние не выдержали огня противника, снялись с якорей и отошли; но 20 сентября они вернулись, и одна из них впоследствии была потоплена огнем французских батарей. Позже адмирал Гелл был откомандирован в Геную командовать объединенной британской и испанской эскадрой; а место «Сент Джоржда» для обстрела береговых батарей 24 сентября занял линейный корабль «Принцесс Ройал» (98).
Испанский 74-пушечный корабль также вел огонь по французским батареям, и перестрелка продолжалась день за днем в течение нескольких недель, с небольшими перерывами. В течение этого времени из разных мест были доставлены на кораблях войска, которые были откомандированы для этой цели; и прибыли неаполитанские 74-пушечные корабли «Гвискардо» и «Танкреди». Ночью 30 сентября французы захватили высоты Фарона; но на следующий день они были изгнаны оттуда бригадным генералом лордом Малгрейвом, адмиралом Гравиной и капитаном Элфинстоуном.
Наполеон Бонапарт принял заметное участие в этом деле, и, что также интересно отметить, Нельсон присутствовал здесь, командуя «Агамемноном».
5 октября неаполитанский корабль «Самнита», сопровождая транспорты с войсками, вошел в гавань; и 8 октября было решено уничтожить некоторые батареи, которые французы недавно возвели, чтобы угрожать кораблям в гавани. Их той ночью атаковали отряды британцев, испанцев, пьемонтцев и неаполитанцев, и орудия, которые французы не смогли увезти, были уничтожены.