Генерал Анатолий Пепеляев, − молодой командующий, избалованный воинским успехом 1918 года, в результате отступления практически потерял армию. Сплоченные воинские соединения разложились за два месяца под натиском неудач и большевистских агитаторов. Пепеляев, оставшись только со своим штабом и ротой охраны, обвинил в развале фронта главнокомандующего генерала Сахарова и самого Колчака.
В декабре, когда Верховный Правитель России прибыл на станцию Тайга, его состав был задержан и окружен войсками генерала. Пепеляев тут же прибыл к поезду и в нелицеприятной беседе с Колчаком, выкрикивая публично обвинения, потребовал расследования предательства и причин сдачи Омска.
– Как вы могли сдать Омск? Это не просчет, это предательство! Теперь армию не остановить! Почуяли кровь, – будут рвать на части! А другой линии обороны у нас нет! – шумел, изводясь в крике, двадцативосьмилетний Пепеляев и рядом с угрюмым, осунувшимся и резко сдавшим за последние недели Колчаком выглядел разгоряченным, раскрасневшимся кадетом.
Ситуацию спас только что назначенный на пост премьер-министра правительства Виктор Пепеляев, − он примирил Колчака и брата. В результате Пепеляев отказался подчиняться власти Колчака и отправился на восток, захватив несколько вагонов в проходящем поезде, а генерал Сахаров был смещен с должности.
Многочисленные партизанские отряды, появившиеся в таежной местности в ответ на жесткую власть Верховного и его наместников в уездах, теперь шли след в след за отступающими частями Сибирской белой армии и подобно охотничьим псам рвали плоть огромной, еще способной за себя постоять, армейской силе, все более превращающейся в жертву.
Армия Сибирских войск под командованием генерала Владимира Каппеля отступала теперь на восток, двигаясь параллельными курсами вдоль Транссибирской железнодорожной магистрали, и сохраняла еще боеспособность в отличие от армии генерала Анатолия Пепеляева, которая массово переходила на сторону большевиков и не подчинялась общему руководству. Третья армия генерала Сахарова отступала южнее через Западно-Сибирскую тайгу по узким заснеженным просекам и тропам.
Несмотря на наличие железной дороги, части белых войск не имели возможности воспользоваться Транссибом для доставки вооружений и солдат: чехословацкие легионеры ревностно контролировали единственный путь из России, лишая русскую армию стратегической возможности использовать железнодорожный транспорт. Поезда, на которых еще размещались в пути до Ачинска и Красноярска штабы и вооружение, отдельные части сопровождения едва ползли друг за другом, останавливаясь подолгу среди полей и тайги. Порой так и ночевали, обессиленные без запаса угля составы, застрявшие среди дикого леса, полные замерзающими в них людьми.