После освобождения из камеры смертников в 1924 г., вновь обратившийся к литературе Джавахишвили был председателем правления Литфонда, членом президиума грузинского Союза писателей, а в 1930-е гг. и членом правления Союза писателей СССР. Несмотря на большой успех его произведений – в 1930-е гг. был издан его четырехтомник, а за «Арсена из Марабды» Джавахишвили даже получил правительственную награду – пролетарская и марксистская критика нападала на писателя за то, что героями его произведений были не честные труженики, а авантюристы и деклассированные элементы. Так же, как и Робакидзе, с которым Джавахишвили подружился в конце 1920-х гг., Джавахишвили был белой вороной в грузинской литературе. Как отмечает историк грузинской литературы Дональд Рейфилд, не было преступлений, в которых бы не обвиняли писателя завистники. Одним из самых нелепых обвинений было то, что невестка писателя работала трамвайным кондуктором в Фессалониках.
Общим же стало обвинение писателя в порнографии. На самом деле Джавахишвили переводил на грузинский язык произведения Ги де Мопассана, влиянием которого отмечены некоторые его работы. В конце концов писатель попробовал написать произведение в духе социалистического реализма «Путь женщины», героиня которого большевичка – выходец из буржуазной семьи, влюбляется в верного сталинца, рабочего Зураба. Зураб приказывает героине (действие произведения происходит во время революции 1905 г.) познакомиться и сблизиться с жандармским офицером Авшаровым, а затем убить его как врага пролетариата. Это произведение тоже подверглось критике за обаятельный образ жандарма и приравнивание большевиков к террористам. Берия, который пришел в Грузии к власти в начале 1930-х, в начале покровительствовал Джавахишвили. Его произведение «Арсен из Марабды» было несколько раз переиздано, переложено в пьесу – автором инсценировки, кстати сказать, стал другой писатель Сандро Шаншиашвили. Пьеса с успехом была поставлена в театре Руставели режиссером Сандро Ахметели. Джавахишвили даже провели электричество, что в 1933 г. было в Тбилиси в частных домах редким явлением.
Однако вскоре писатель, не шагающий в ногу со всеми, попал в немилость. Ему не простили похвалу французскому писателю Андре Жиду, который в 1935 г. посетил Советский Союз, побывал в Грузии, а затем написал книгу, где критически отозвался о большевистском режиме. Подвергшиеся репрессиям сторонники Троцкого под давлением следствия дали показания на Джавахишвили как на террориста. Есть сведения, что именно Джавахишвили посоветовал жившему в Германии Григолу Робакидзе не возвращаться в Советский Союз. Когда в 1937 г. в Грузии шла чистка среди писателей и Паоло Яшвили, зная о неминуемом аресте, покончил с собой, Джавахишвили был единственным, кто публично похвалил поэта за мужество. В итоге 26 июля 1937 г. Джавахишвили был исключен из Союза писателей как враг народа, шпион и диверсант и арестован. Единственным писателем, который демонстративно вышел из зала при голосовании, был его друг Геронтий Кикодзе, вместе с которым Джавахишвили основал в 1928 г. литературную группу «Арифиони» и одноименный альманах, целью которых была преемственность культурных традиций прошлого настоящего и будущего. 14 августа 1937 г. Джавахишвили был арестован, а уже в сентябре расстрелян. В середине 1950-х писателя реабилитировали, а его произведения переиздали. Прошло еще немало лет, и в 2012 году был снят фильм «Мигранты Джако» по его роману «Насельники Джако».