6 сентября 1906 г. Нагурского зачислили юнкером рядового звания в Одесское пехотное юнкерское училище[13]. Оно было основано в 1865 г. В этот период (1864–1865) с преобразованием старших классов кадетских корпусов в военные училища стали открываться окружные юнкерские училища во вновь образованных военных округах. За три года обучения юнкера получали теоретические и практические познания, необходимые для занятия должности младшего ротного офицера, с которой обычно начиналась служба. Позднее Ян Иосифович вспоминал:
Вторая рота Одесского военного училища ничем особенным не отличалась от других. Так же как и остальные, она поднималась после побудки в шесть утра, шла на гимнастические упражнения, затем торопилась на военные занятия. Как и в других ротах, нас, молодых юнкеров, не отпускали в город. Это была довольно тяжелая жизнь. Время, заключенное в жесткие рамки расписания, уточненного до минут, переживалось нами мучительно. Я тосковал по дому и свободе, а в училище не нашел друзей и близких товарищей. Многочисленные занятия занимали почти все мое время, особенно когда к общеобразовательным предметам прибавились военные. Ими овладевал я легко и быстро[14].
Я. И. Нагурский после получения звания младшего портупей-юнкера
6 августа 1909 г. Нагурский получил первый офицерский чин подпоручика и отправился к месту службы – в Хабаровск, где дислоцировался 23-й Восточно-Сибирский стрелковый полк. Как и другие полки, расквартированные на Дальнем Востоке, 23-й Восточно-Сибирский был довольно молодым, его образовали в 1890 г. За отличия в сражениях под Ляояном и Мукденом во время Русско-японской войны 1904–1905 гг. полк в 1906 г. удостоился боевой награды – Георгиевского знамени[15].
В соответствии с высокими результатами в учебе[16] Нагурский мог выбрать службу в любом крупном городе европейской части страны, но он решил отправиться на ее восточную окраину, так объяснив свой выбор:
Немногие из товарищей знали, что военную службу я считал временной и собирался продолжать образование по какой-либо технической специальности. Никто также не мог предвидеть, что я хочу использовать время пребывания на Дальнем Востоке для подготовки к экзаменам в высшее учебное заведение[17].
На этих строках из воспоминаний стоит остановиться подробнее. Нагурский писал, что он готовился к поступлению в Инженерное училище и в июле 1913 г. получил диплом инженера