В то время как Масуд сражался в горах, Гульбиддин Хикматияр с помощью пакистанской разведки, направлял ракеты на Кабул, убивая тысячи мирных жителей, и готовился к захвату власти. Несколько раз, пытался убить Масуда, отправляя боевиков. В 1985 году во время одной из встреч в долине Пандшер, планировалось ликвидация Масуда прямо за столом, но он выжил. После этого события Масуд больше не доверял встречам без охраны.
Масуд дипломат среди командиров. Несмотря на угрозы, Масуд не стремился к расколу. Он отправлял посланников в Кунар, Газни и Кандагар. Пытался объединить разрозненные отряды. Предлагал стратегическое сотрудничество. Часто он сам ездил верхом, рискуя жизнью, чтобы договориться. Его уважали не все. Но он не убивал и не грабил. Даже пуштунские лидеры, недолюбливавшие таджиков, признавали его как благородного командира и с ним говорили с честью. Он обращаясь к лидерам боевиков, говорил: «Если мы не будем договариваться сейчас, завтра мы будем врагами друг друга. Тогда уже не будет красных, будет только чёрная братоубийственная война».
Пакистан и арабские радикалы, связанные с ваххабитским движением «Братьев мусульман», была ещё одной проблемой для сил сопротивления Афганистана. Масуд категорически отказывался подчиняться Пакистану, и не принимала арабских добровольцев которые требовали введение шариата и казни в регионах. Он им говорил: «Это наша земля, наш народ, мы мусульмане, но мы не рабы». Он говорил, от арабов больше хаоса, чем помощь. Это делала его изолированным, но принципиальным. Он строил свой путь независимости и умеренности. Когда в 1989 году советские войска ушли, Масуд был одним из немногих, кто не праздновал. Он знал, война только начинается, потому что главный враг не только тот, кто пришёл снаружи, главное зло внутри нас самих. Жадность, ненависть, нетерпимость, он стоял на холме, глядя на горы, и сказал своему помощнику: «Мы победили империю, теперь самое трудное, убедить своих, не убивать друг друга».