Теософия преобладает (отчасти вследствие растущего влияния Франца Баадера, приверженца учения Якоба Бёме и Сен-Мартена) в философских исследованиях о сущности человеческой свободы и связанных с ней предметах», которые впервые были опубликованы в «Философских сочинениях», Ландсхут, 1809. Шеллинг придерживается принципа, что высшие понятия должны быть доступны ясному разумному постижению, ибо только таким образом они могут стать по-настоящему нашими, усвоенными нами и вечно утверждёнными. Он также, подобно Лессингу, считает абсолютно необходимым преобразование откровенных истин в разумные истины, если человечеству должно быть этим оказано содействие.
Для этой цели он выделяет в Боге три момента:
1. Безразличие (индифферентность), первооснову или безосновность (Ungrund),
2. Раздвоение на основу и существование,
3. Тождество или примирение разделённого.
Безосновность или индифферентность, в которой ещё нет личности, является лишь исходной точкой божественного существа – тем, что в Боге не есть Он Сам, непостижимой основой реальности. В ней коренится несовершенное и злое, присущее конечным вещам. Все природные существа обладают лишь бытием в основе или в изначальном стремлении, ещё не достигшем единства с разумом, и потому по отношению к Богу являются лишь периферийными существами. Только человек пребывает в Боге, и именно благодаря этому «в-Боге-бытию» он способен к свободе.
Свобода человека заключается в интеллигибельном, вневременном деянии, посредством которого он сделал себя тем, чем является теперь; эмпирический человек в своих действиях подчинён необходимости, но эта необходимость покоится на его вневременном самоопределении.3
Воля есть изначальное бытие. Единство частной воли с универсальной волей есть добро, их разделение – зло. Человек есть центральное существо и потому должен пребывать в центре. В нём сотворены все вещи, подобно тому как Бог через человека принимает природу и соединяет её с Собой. Природа есть первое или Ветхий Завет, когда вещи ещё находились вне центра и потому под законом. Человек есть начало Нового Завета, спаситель природы, через которого как посредника, поскольку он сам соединяется с Богом, после последнего разделения Бог также принимает природу и делает её Собой.
В полемическом сочинении против Якоби: «Памятник сочинению Якоби о божественных вещах и обвинению его в сознательном лживом атеизме» (Тюбинген, 1812), Шеллинг отвергает обвинение в том, что его философия является натурализмом, спинозизмом и атеизмом. Он утверждает, что Бог для него есть и А и Ω, Первое и Последнее: первое как Deus implicitus (неличная индифферентность), последнее как Deus explicitus (Бог как личность, как субъект существования). Теизм, не признающий основы или природы в Боге, бессилен и пуст. Против утверждаемой Якоби идентичности чистого теизма с сущностью христианства Шеллинг направляет резкую полемику, защищая иррациональное и мистическое как подлинно спекулятивное.