Сочинение «О божествах Самофракии» (Штутгарт и Тюбинген, 1815), которое должно было стать приложением к (не опубликованным) «Векам мира», представляет собой аллегорическое толкование этих божеств как моментов Бога в шеллинговском трактате о свободе.
После долгого молчания Шеллинг в 1834 году опубликовал предисловие к переводу Губерта Беккера сочинения Виктора Кузена (о французской и немецкой философии в «Философских фрагментах», Париж, 1833). Здесь Шеллинг характеризует гегелевскую философию как чисто негативную, подменившую живое и действительное, устранив эмпирический элемент, логическим понятием и приписавшую ему посредством страннейшей фикции или гипостазирования самодвижение, присущее лишь живому. В основном ту же критику Шеллинг развил в своих мюнхенских лекциях «К истории новейшей философии» (опубликованных в X томе первого отдела «Полного собрания сочинений» из рукописного наследия): он порицает выдвижение абстрактных понятий (бытие, ничто, становление, наличное бытие и т. д.) перед философией природы и духа, тогда как абстракции предполагают то, от чего они абстрагированы, а понятия существуют лишь в сознании, то есть в духе, и не могут предшествовать природе и духу как условие, потенцироваться и в конце концов отчуждаться в природу.
В своей берлинской вступительной лекции (Штутгарт и Тюбинген, 1841) Шеллинг заявляет, что не откажется от изобретения своей молодости – системы тождества, которую Гегель лишь привёл к абстрактно-логической форме, но дополнит её как негативную философию позитивной философией.
Гегель разработал логику, то есть науку о рациональном или о том, что нельзя не мыслить. Однако разум не постигает иррациональное, которое обнаруживается в действительно существующем. Поэтому позитивная философия, как новая, до сих пор считавшаяся невозможной наука, обещающая дать действительные разъяснения и расширить человеческое сознание за его нынешние пределы, должна выйти за рамки чистой науки разума, включив эмпирию, подтверждающую результаты гипотетической дедукции и познающую бытие («что») рационально познаваемой сущности («что»).
Если существует «трансцендентное положительное», то оно должно быть воспринято из религии через опыт. Однако религия бывает либо мифологической, либо откровенной; поэтому позитивная философия – это прежде всего философия мифологии и откровения, то есть незавершённой и завершённой религии.