Однако религия бывает либо мифологической, либо откровенной; поэтому позитивная философия является главным образом философией мифологии и откровения, то есть незавершённой и завершённой религии. В религиозно-философских лекциях, прочитанных в Берлинском университете и изданных после смерти Шеллинга из его рукописного наследия как вторая часть «Полного собрания сочинений», хотя по существу они были опубликованы уже ранее (см. выше, стр. 20), Шеллинг в основном развивал спекулятивные идеи, уже изложенные в сочинении о свободе. Позитивная философия стремится не выводить существование Бога из его понятия, а, наоборот, исходя из существования, доказывать божественность существующего. В Боге Шеллинг выделяет:
а) слепо необходимое или изначальное бытие,
б) три потенции божественной сущности: бессознательная воля как causa materialis творения, осознанная воля как causa efficiens, единство обеих как causa finalis, secundum quam omnia fiunt (конечная причина, согласно которой всё совершается);
в) три личности, которые возникают из трёх потенций через преодоление изначального бытия благодаря теогоническому процессу, а именно:
– Отец как абсолютная возможность преодоления,
– Сын как преодолевающая сила,
– Дух как завершение преодоления.
В природе действуют только потенции, в человеке – личности. Поскольку человек в силу своей свободы вновь разрушил единство потенций, вторая, посредующая потенция утратила свою действенность, то есть лишилась господства над слепым бытийным началом и была низведена до уровня лишь естественно действующей потенции. В сознании человека она вновь становится господином этого бытия и превращается в божественную личность благодаря теогоническому процессу, этапами которого являются мифология и откровение. В мифологическом сознании вторая потенция пребывала в божественном образе (ὁ μορφὴ θεοῦ), но лишилась его и стала человеком, чтобы через послушание, в единстве с Отцом, стать божественной личностью.
Шеллинг определяет эпохи христианского времени, развивая далее мысль Фихте о том, что протестантизм носит павловский характер, а Евангелие от Иоанна с его учением о Логосе наиболее чисто выражает христианский дух. Он выделяет:
1) петровское христианство, или католицизм,
2) павловское христианство, или протестантизм,