Сочинения Баадера по элементарной физиологии, Гамбург, 1797, использовались Шеллингом в его натурфилософских работах; под влиянием Мировой души Шеллинга Баадер написал трактат О пифагорейском квадрате в природе или о четырёх сторонах света, Тюбинген, 1798, откуда Шеллинг, в свою очередь, заимствовал многое для своего Первого наброска системы натурфилософии (1799) и для Журнала спекулятивной физики. Впоследствии Баадер, главным образом в устных беседах, направил Шеллинга к теософу Якобу Бёме. Сборник статей Баадера – Вклады в динамическую философию, Берлин, 1809. В Fermenta cognitionis (1822—25) Баадер критикует господствующие философские направления того времени и рекомендует изучение Якоба Бёме. Читавшиеся в Мюнхенском университете лекции по спекулятивной догматике были опубликованы в 5 выпусках в 1827—38 гг.
Сочинения, изданные при жизни Баадера, а также оставшиеся в рукописи, были собраны его выдающимся учеником Францем Гофманом (ум. 22 октября 1881 г. в качестве профессора философии в Вюрцбурге, автора Спекулятивного развития вечного самопорождения Бога, составленного по сочинениям Баадера, Амберг, 1835; Преддверия к спекулятивной теологии Баадера, Ашаффенбург, 1836; Основы социететской философии Франца Баадера, Вюрцбург, 1837; Франц фон Баадер как основатель философии будущего, Лейпциг, 1836, и других трудов) совместно с Юлиусом Гамбергером, Эмилем Августом фон Шаденом, Кристофом Шлютером, Антоном Люттербеком и бароном фон Остен-Сакеном, с добавлением введений и пояснений, в полном собрании сочинений: Полное собрание сочинений Франца фон Баадера, 16 томов, Лейпциг, 1851—60. Введение: Апология натурфилософии Баадера против прямых и косвенных нападок современной философии и естествознания, также вышло отдельным изданием, Лейпциг, 1852. Кроме того, Гофман издал: Мировые эпохи. Лучи света из сочинений Баадера, Эрланген, 1868; Й. А. Б. Люттербек: О философской точке зрения Баадера, Майнц, 1854 (см. также Люттербек, Новозаветные учения, Майнц, 1852); Гамбергер: Кардинальные пункты философии Баадера, Штутгарт, 1855; Христианство и современная культура, Эрланген, 1863; Physica sacra, или Понятие небесной телесности, Штутгарт, 1869; Опыты характеристики теософии Франца Баадера, в Theol. Studien und Kritiken, 1867, с. 107—123; Й. Клаассен, Жизнь и теософия Ф. фон Баадера. Полный естественнонаучный конспект, т. 1, Штутгарт, 1886, т. 2, 1887; Теодор Кульман: Принципы философии Франца фон Баадера и Э. А. фон Шадена, в Zeitschrift für Philosophie, т. 37, 1860, с. 192—226 и т. 38, 1861, с. 73—102; Франц Гофман: Разбор нападок на Баадера в сочинении Тило «Теологизирующее учение о праве и государстве», Лейпциг, 1861; О философии Баадера и Гербарта, в Athenaeum (философский журнал, изд. Фрошаммером), т. 2, вып. 1, 1863; О философии Баадера и Шопенгауэра, там же, вып. 3, 1863; Философские сочинения, I—VIII, Эрланген, 1868—82.