Чтобы возвести субъект на уровень философского мышления, системе может предшествовать в качестве пропедевтики «Феноменология духа», то есть учение о ступенях развития сознания как явленных формах духа, которая, однако, также находит своё место внутри системы как часть философской науки, а именно в философии духа. Логика рассматривает самодвижение Абсолютного от наиболее абстрактного понятия – понятия чистого бытия – до наиболее конкретного из понятий, предшествующих разделению на природу и дух, то есть до абсолютной идеи. Её части таковы: учение о бытии, учение о сущности и учение о понятии. Учение о бытии подразделяется на разделы: качество, количество, мера; в первом рассматриваются моменты бытия – чистое бытие, ничто и становление; затем наличное бытие противопоставляется бытию, и в «бытии-для-себя» находится опосредствование, вследствие которого качество переходит в количество. Моменты количества: чистое количество, квантум и степень; единство качества и количества есть мера. Учение о сущности трактует сущность как основание существования, затем явление и, наконец, действительность как единство сущности и явления: под понятие действительности Гегель подводит субстанциальность, причинность и взаимодействие. Учение о понятии рассматривает субъективное понятие, которое Гегель делит на понятие как таковое, суждение и умозаключение, затем объект, под которым Гегель понимает механизм, химизм и телеологию, и, наконец, идею, диалектически развёртывающуюся как жизнь, познание и абсолютная идея.
Идея отпускает из себя природу, переходя в своё инобытие. Природа стремится вновь обрести утраченное единство; достижение его есть дух как цель и завершение природы. Ступени природного бытия Гегель рассматривает в трёх разделах: механика, физика, органика; последняя трактует об организме Земли, о растении и о животном. Высшее в жизни растения – родовой процесс, посредством которого единичное отрицается в своей непосредственности для себя, но сохраняется в роде. Животная природа, будучи в действительности и внешности непосредственной единичности, одновременно есть рефлектированное в себя само единичности, субъективная всеобщность, существующая в себе; пространственная разделённость не имеет истины для души, которая именно поэтому присутствует не в одной точке, а повсюду – в миллионах точек. Однако животная субъективность ещё не существует для себя как чистая, всеобщая субъективность; она не мыслит себя, а чувствует и созерцает себя, она объективна для себя лишь в определённом, особом состоянии.