Фихте получил выговор и одновременно отставку, поскольку его заявление о возможной отставке было несправедливо расценено как уже поданное прошение об отставке. Последующие попытки Фихте объяснить, что случай унизительного выговора, ограничивающего свободу преподавания, не имел места, были тщетны. Петиция студентов в его защиту была искренней, но безуспешной. Фихте ушел, другие профессора остались.
Вскоре после этого появилось заявление Канта (от 7 августа 1799, в «Intelligenzblatt» №109 к «Allgemeine Literatur-Zeitung», 1799; см. издание сочинений Канта Гартенштейна, т. VIII, Лейпциг, 1868, с. 600), в котором он назвал «Наукоучение» Фихте совершенно ошибочной системой и отверг любые попытки приписать фихтевские идеи его собственной «Критике чистого разума», которую следует понимать буквально, а не в противоречащем букве духе.
Фихте переехал в Берлин, где ему была обеспечена терпимость благодаря духу Фридриха Великого, разделявшего религиозные взгляды и гражданский статус. Он общался с Фридрихом Шлегелем, Шлейермахером, Тиком и другими выдающимися людьми и вскоре начал читать публичные лекции перед многочисленной аудиторией. В 1805 году он получил профессуру в (тогда прусском) Эрлангенском университете, но читал там только в летнем семестре 1805 года. Летом 1806 года Фихте уехал в Кёнигсберг из-за наступления французов, где ненадолго возобновил лекции и начал работу над «Речами к немецкой нации», которые прочитал зимой 1807/08 в здании Берлинской академии.
С момента основания Берлинского университета (1809) Фихте стал его профессором и активно преподавал, продолжая перерабатывать свою систему, вплоть до своей смерти 27 января 1814 года. Он скончался от нервной лихорадки, которой заразился от жены, ухаживавшей за больными в лазаретах и самой выздоровевшей от инфекции.
Фихте был очень самостоятельной, властной личностью с высокими этическими принципами, полной сильной деятельной энергии и благородного воодушевления, безжалостно отстаивавшей свои взгляды, даже если он не мог их доказать, и последовательно проводившей их в жизнь. Будучи первым ректором Берлинского университета, избранным академическим сенатом, он сложил с себя полномочия до истечения срока, поскольку его стремления к реформам студенческой жизни не встретили одобрения у большинства коллег. Его друг, врач Гуфеланд, очень верно сказал о нём: «Его основная черта – сверхсила». Он не знал пощады к себе, что доказал своими «Речами к немецкой нации», которые он произнёс в самое опасное время, несмотря на предостережения друзей.