Несмотря на то что ВМАТ подчинялись начальнику МГШ, их деятельность регулировалась специальными директивами военно-морского министра, которые систематически рассылались зарубежным разведаппаратам. Это были типовые документы, разъяснявшие характер стоявших перед ними задач, принципы взаимодействия с МИД, порядок оформления командировок и финансовых отчётов. Так, в директивах военно-морским атташе при дипломатической миссии в России за 1898–1901 гг. министр Ямамото Гомбээ требовал сосредоточить усилия на сборе и обработке информации об организации и боевой подготовке ВМФ страны пребывания, а также на закупке справочной литературы и картографических материалов флотской тематики. Директива предписывала атташе согласовывать все вопросы организации агентурной разведки с начальником МГШ, вести через него переписку с различными подразделениями военно-морского министерства, но в то же время неукоснительно соблюдать служебный регламент дипмиссии и беспрекословно исполнять указания её главы. Аналогичные инструкции были направлены ВМАТ в Великобритании, Франции, Германии, Италии, США, Корее, Китае>53.
Вторую категорию офицеров разведки составляли специально командируемые за рубеж военно-морским министерством и Морским Генштабом стажёры, а также легальные и нелегальные резиденты, которые оседали в стране пребывания в качестве сотрудников японских дипломатических миссий или коммерсантов, путешественников, языковых и флотских стажёров.
Их деятельность регулировали утверждённые военно-морским министром в апреле 1900 г. «Правила для зарубежных резидентов ВМФ», согласно которым зарубежным резидентом являлось лицо, направляемое за границу для обучения или сбора разведывательной информации по военным вопросам. Он подчинялся главному секретарю военно-морского министра по общим вопросам, ежегодно в январе и июле предоставлял детальный отчёт об исполнении служебных обязанностей и планируемых действиях, а по возвращении составлял подробную справку о результатах учёбы или разведки>54.
Основной поток офицеров японского флота, выезжавших в шестидесятых – восьмидесятых годах XIX в. на зарубежные стажировки, приходился на Великобританию, США и Германию. Не располагая собственной учебной и судостроительной базой, командование ВМФ Японии направляло туда наиболее перспективных офицеров, стремясь подготовить из них специалистов по штурманской службе, гидрографии, минно-торпедному, артиллерийскому вооружению, энергетическим установкам, строительству и ремонту боевых кораблей. Хотя задачи по разведке перед отъезжавшими за рубеж не ставились, фактически они с легальных позиций изучали организацию, стратегию и тактику иностранных флотов, новейшие достижения в области вооружения и кораблестроения потенциальных противников.