По воспоминаниям директора «плутониевого завода» (это было ещё одно название радиохимического завода) М. В. Гладышева уже в первые дни начались неожиданности. Например, на последнем этапе – после многочисленных химических реакций – соединения плутония и урана требовалось разделить. Предполагалось, что уран будет оставаться в виде осадка на фильтре в конце последней стадии технологического процесса. Можно представить себе изумление персонала, когда ожидаемого вещества на фильтрах не оказалось. Учёным стало казаться, что расчёты не совпадают с практикой. Армейские генералы, следившие за учеными, начали сердиться – их тоже постоянно контролировало собственное руководство, требовавшее скорейшего получения плутония. По правилам тех лет во всех неудачах были виноваты «враги» и «вредители», в роли которых мог оказаться любой сотрудник производства – от рабочего до генерала.
После тщательного анализа причин неудачи выяснилось, что на одном из этапов процесса выделения осадка воздух для барабатажа в аппарат подавали под слишком большим давлением и он выдул раствор плутония в вентиляцию. После этого все сотрудники были брошены на сбор радиоактивного раствора, который вытекал из щелей вентиляции (Гладышев, без даты).
Используемое на радиохимическом заводе оборудование имело большие размеры и, как следствие, большие площади внутренних поверхностей на которых оседал плутоний. Создавалось впечатление, что где-то в ходе технологического процесса его количество уменьшается. Приходилось вести поиски, на что опять уходило драгоценное время. Все это усиливало нервное напряжение персонала и люди уже не думали об опасности радиации – каждый мог быть обвинен во вредительстве и в лучшем случае оказаться в трудовом лагере. Эта опасность была вполне реальной – в отличии от малоизвестной в то время опасности, связанной с воздействием радиации.
В первый период работы радиохимического завода происходили многочисленные аварии. Были взрывы технологического оборудования. Происходили утечки радиоактивных жидкостей, загрязнявших целые этажи и разносившихся на обуви по всем помещениям. Персонал получал высокие дозы облучения на рабочих местах из-за неотработанности технологических процессов. Но что ещё опаснее – радиоактивность разносилась по жилым домам.