1937 – с публикации обличительной статьи в газете «Правда» началась травля Щусева, он исключен из Союза советских архитекторов, а его мастерскую вместо него возглавил Д. Н. Чечулин.
1938 – несмотря на продолжающуюся травлю в печати, Щусев заканчивает строительство Большого Москворецкого моста, становится главным архитектором Академии наук СССР, вместе с братом П. В. Щусевым руководит реставрацией Троице-Сергиевой лавры.
1939 – окончание травли в печати. Строительство жилого дома на Большой Калужской улице, куда и сам Щусев переселяется вместе с семьей. Построено здание Института генетики в Москве. Выполнены проекты зданий Института органической химии, Физического института, Института металлургии, Института точной механики и вычислительной техники. Все эти проекты были осуществлены уже в послевоенные годы.
1940 – окончание строительства Казанского вокзала. Начало работы над проектом здания НКВД на Лубянской площади.
1941 – Щусев удостоен Сталинской премии I степени за проект здания Института Маркса – Энгельса – Ленина в Тбилиси. Художник М. В. Нестеров пишет знаменитый портрет Щусева.
1942–1944 – разрабатывает проекты восстановления подмосковной Истры, Великого Новгорода и других городов, разрушенных гитлеровцами.
1943 – избран академиком АН СССР.
1945 – награжден орденом Красного Знамени. Участвует в разработке генеральной схемы реконструкции Кишинева.
1946 – Сталинская премия II степени за внутреннее оформление Мавзолея Ленина.
1947 – награжден орденом Ленина. Проектирует станцию Московского метрополитена «Комсомольская (кольцевая)», призванную стать апофеозом победы советского народа в Великой Отечественной войне. Завершено строительство театра оперы и балета в Ташкенте.
1948 – начало преподавания в Московском архитектурном институте.
1949, 24 мая – Алексей Викторович Щусев скончался в Москве. Похоронен на Новодевичьем кладбище, участок № 1, архитектор Е. Г. Розанов, скульптор С. Т. Коненков.
Ранним воскресным утром Михаил Васильевич не спеша вышел из дома. Он увлекся игрой рассветных зайчиков на белых дорических колоннах парадного входа, а затем некоторое время стоял в задумчивости, рассматривая на фасаде лепной декор в греческом стиле. Наконец, поправил неизменную черную шапочку и двинулся в путь.
От Сивцева Вражка до Гагаринского переулка рукой подать, но Нестеров нарочито шел медленно, смакуя каждый шаг. Запахи стояли умопомрачительные, в булочных разгружали свежевыпеченный пахучий хлеб, проезжая часть и тротуары источали влагу – видать, только что прошли поливальные машины, а обещанная жара еще не наступила, и было так легко, отчего художнику казалось, что ему не под восемьдесят, а самое большее под пятьдесят.