В сентябре 1939 года из состава Наркомата оборонной промышленности выделили Наркомат авиапрома, руководить которым поставили Михаила Кагановича. На этой должности он пробыл меньше года, затем был снят и назначен директором авиационного завода № 124 им. Г.К. Орджоникидзе в Казани. Его предупредили, что в случае невыполнения партийных и правительственных поручений он будет выведен их состава ЦК партии и уволен с директорского поста. 1 июля 1941 года он застрелился. По официальной версии – в здании Совнаркома РСФСР, в перерыве между заседаниями, по другой (неподтвержденной) – у себя дома. Якобы свести счеты с жизнью Михаилу «посоветовал» его младший брат Лазарь: мол, тебя все равно расстреляют, а так хоть пенсия будет вдове.
Писатель Феликс Чуев, проведший в беседах с Лазарем Кагановичем немало часов (на эти беседы мы будем не раз ссылаться), спрашивал своего визави и о Михаиле. И выслушивал скорбную повесть о том, как «мерзавцы и подлецы» оклеветали брата, обвинив во вредительской деятельности, и как он, Лазарь, горячо защищал его. Однако Б.Г. Бажанов, личный секретарь Сталина, в своих мемуарах рисует картину иначе:
«Лазарь Моисеевич Каганович замечателен тем, что был одним из двух-трех евреев, продолжавших оставаться у власти во все время сталинщины. При сталинском антисемитизме это было возможно только благодаря полному отречению Кагановича от всех своих родных, друзей и приятелей. Известен, например, факт, что когда сталинские чекисты подняли перед Сталиным дело о брате Кагановича, Михаиле Моисеевиче, министре авиационной промышленности, и Сталин спросил Лазаря Кагановича, что он об этом думает, то Лазарь Каганович, прекрасно знавший, что готовится чистое убийство без малейшего основания, ответил, что это дело „следственных органов“ и его не касается. Накануне неминуемого ареста Михаил Каганович застрелился».
На вопрос Чуева, так ли было дело, Каганович ответил: «Это вранье. А дело было просто так. Я пришел на заседание. Сталин держит бумагу и говорит мне: „Вот есть показания на вашего брата, на Михаила, что он вместе с врагами народа“. Я говорю: „Это сплошное вранье, ложь“. Так резко сказал, не успел даже сесть. „Это ложь. Мой брат, говорю, Михаил, большевик с 1905 года, рабочий, он верный и честный партиец, верен партии, верен ЦК и верен вам, товарищ Сталин“. Сталин говорит: „Ну а как же показания?“ Я отвечаю: „Показания бывают неправильные. Я прошу вас, товарищ Сталин, устроить очную ставку. Я не верю всему этому. Прошу очную ставку“. Он так поднял глаза вверх. Подумал и сказал: „Ну, что ж, раз вы требуете очную ставку, устроим очную ставку“. Через два дня меня вызвали. <…> Маленков, Берия и Микоян вызвали меня в один кабинет, где они сидели. Я пришел. Они мне говорят: „Мы вызвали сообщить неприятную вещь. Мы вызывали Михаила Моисеевича на очную ставку“. Я говорю: „Почему меня не вызвали? Я рассчитывал, что я на ней буду“. Они говорят: „Слушай, там такие раскрыты дела, что решили тебя не волновать“. Во время той очной ставки был вызван Ванников, который показывал на него. А Ванников был заместителем Михаила в свое время. Кстати, когда несколько ранее Ванникова хотели арестовать, Михаил очень активно защищал его. Ванников даже прятался на даче у Михаила, ночевал у него. Они были близкими людьми. А когда Ванникова арестовали, он показал на Михаила. И вот вызвали Ванникова и других, устроили очную ставку. Ну, эти показывают одно, а Михаил был горячий человек, чуть не с кулаками на них. Кричал: „Сволочи, мерзавцы, вы врете“ и т. д., и проч. Ну, при них ничего не могли обсуждать, вывели арестованных, а Михаилу говорят: „Ты иди, пожалуйста, в приемную, посиди, мы тебя вызовем еще раз. А тут мы обсудим“. Только начали обсуждать, к ним вбегают из приемной и говорят, что Михаил Каганович застрелился. Он действительно вышел в приемную, одни говорят, в уборную, другие говорят, в коридор. У него при себе был револьвер, и он застрелился. Он человек был горячий, темпераментный. И, кроме того, он человек был решительный и решил: в следственную тюрьму не пойду. И лучше умереть, чем идти в следственную тюрьму».