Июнь – июль – из-за разногласий с Хорватом и трений с военными представителями Японии покинул КВЖД.
Сентябрь – выехал из Японии во Владивосток, откуда вскоре направился по Транссибирской магистрали на запад с целью пробраться в расположение Добровольческой армии.
Октябрь – ноябрь – по дороге задержался в Омске, где принял предложение главы «всероссийской» демократической Директории Н.Д. Авксентьева о входе в ее правительство в качестве военного и морского министра (с 4 ноября).
18 ноября – военный переворот в Омске, арест и роспуск Директории. Официальная передача Советом министров всей полноты гражданской и военной власти А.В. Колчаку, провозглашение его Верховным правителем России (фактически подконтрольные территории – Сибирь, Дальний Восток, большая часть Урала и современного Казахстана), одновременное назначение Верховным главнокомандующим и производство в «полные» адмиралы.
Декабрь – наступление колчаковской армии на север, взятие Перми. Прибытие в Омск А.В. Тимиревой. Подавление большевистского восстания в Омске.
1919, январь – потеря Уфы и Оренбурга на центральном и южном участках фронта.
Март – апрель – генеральное наступление на Волгу (с повторным взятием Уфы в марте) до рубежей на подступах к Казани и Самаре (крайняя точка продвижения на запад – Чистополь) с одновременным наступлением в Прикамье на севере и в Туркестане на юге. Награждение А.В. Колчака орденом Св. Георгия 3-й степени.
Май – июнь – контрнаступление красных под командованием М.В. Фрунзе на Восточном фронте. Начало отступления белых, повторная сдача Уфы (в июне). Официальное признание верховной власти А.В. Колчака предводителями всех региональных белых армий России (А.И. Деникиным на юге, Н.Н. Юденичем на северо-западе, Е.К. Миллером на севере).
Июль – потеря Урала, включая Пермь и Екатеринбург.
Август – закрепление армии на рубеже р. Тобол.
Сентябрь – октябрь – переход колчаковских армий в наступление.
Октябрь – ноябрь – новое контрнаступление красных. Фактическое крушение фронта.
Ноябрь – эвакуация Омска. Переезд правительства в Иркутск. Начало Сибирского Ледяного похода сохранивших боеспособность остатков войск (с декабря – под командованием В.О. Каппеля).
Декабрь – потеря Томска. Задержка чехословацким корпусом поезда Верховного правителя и «золотого эшелона» под Нижнеудинском. Эсеровское восстание в Иркутске.