Вскоре после смерти Елены ее фаворит – князь Иван Овчина Телепнев-Оболенский – был схвачен по приказу бояр во главе с Василием и Иваном Шуйскими и брошен в темницу вместе со своей сестрой. Юный Иван Васильевич, испытывавший к нему привязанность, был страшно огорчен произошедшим. В том же году Оболенский умер с голоду (по другим сообщениям – был убит) в заключении, а его сестру постригли в монахини и отправили на север.
После смерти Глинской власть начали делить между собой различные боярские группировки, в первую очередь – Бельские и Шуйские. Все последующие девять лет маленький Иван рос в обстановке вражды и интриг, предательств и борьбы за власть. С одной стороны, бояре заискивали перед осиротевшим царем и льстили ему, с другой – и не думали оказывать ему должного почтения на деле. В их глазах – да и по сути – он был лишь мальчишкой, на которого неожиданно свалилась огромная власть. Ребенком, восседающим на троне.
Сам царь позже так писал об этом периоде в своих посланиях:
«И чего только они не наделали! Сколько бояр и воевод, доброжелателей нашего отца, перебили! Дворы, села и имения наших дядей взяли себе и водворились в них! Казну матери перенесли в Большую казну и при этом неистово пихали ее ногами и кололи палками [концами трости], а остальное разделили между собой. А ведь делал это дед твой, Михайло Тучков. Тем временем князья Василий и Иван Шуйские самовольно заняли при мне первые места и стали вместо царя <…> Нас же с покойным братом Георгием начали воспитывать как иностранцев или как нищих. Какой только нужды ни натерпелись мы в одежде и в пище! Ни в чем нам воли не было; ни в чем не поступали с нами, как следует поступать с детьми».
Смерть матери и ее фаворита, разграбление ее казны, убийства приближенных к князю Василию лиц, полуголодное существование, пренебрежительное отношение бояр к законному монарху – все это наложило отпечаток на личность будущего царя, сделало его мнительным, подозрительным, жестоким.
Впоследствии эти черты усугубились и дополнились новыми (гордыней и жаждой власти), приняв форму откровенной паранойи и чудовищного, немыслимого садизма. Характерной чертой личности царя стало то, что вспышки гнева, когда он казнил и пытал без разбору, чередовались у него с приступами чрезмерной религиозности: посты, молитвы, покаяния в своих бесчисленных грехах, крупные пожертвования церквям и монастырям… А затем цикл повторялся снова и снова.