Еще при Александре II в 1880 г. тогдашний министр просвещения граф Д.А. Толстой внес в Государственный совет проект нового университетского устава, предусматривающий усиление государственного контроля над высшими учебными заведениями (введение единых государственных экзаменов, назначение ректора Министерством народного просвещения, ликвидация университетского суда). Но тогда дело не нашло поддержки. Уже при Александре III в ноябре 1882 г. новый министр просвещения Делянов опять внес в Государственный совет проект изменения университетского устава, в основном совпадающий с предложениями Толстого. После длительных обсуждений в мае 1884 г. при общем голосовании мнения разделились, большинство высказалось за продолжение «изучения вопроса», то есть оставление без изменений. Ожидалось, что дело затянется на годы, но через три месяца царь снова созвал совещание. Выслушав доводы, Александр III решил больше не откладывать решение. 15 августа 1884 г. он утвердил мнение меньшинства Государственного совета.
Сущность нового устава заключалась в уничтожении автономии университетской коллегии и в подчинении профессоров административному надзору и воздействия, как в отношении личного ее состава, так и программ преподавание, то есть ликвидировалась университетское самоуправление. Студенты ставились из положения членов университетской корпорации в просто «слушателей» и «посетителей». Александра III волновал больше вопрос воспитания, чем познания. С этой же целью с 1895 г. был введен и надзор в училищные советы земских начальников.
После принятия нового устава многие профессора покинули университеты, студенты вынуждены были платить намного больше за свое обучение, а поступление в университеты и получение стипендии определялись теперь главным образом политической благонадежностью. В случае неповиновения начальству студент быстро оказывался за стенами университета и по всеобщей воинской повинности его ждала служба в армии в качестве рядового. В это же время была введена и обязательная форма для студентов. Форма была красивой, нравилась девушкам гимназисткам, демонстрировала принадлежность молодого человека к престижной социальной группе. Но ее введение диктовалось чисто утилитарными соображениями: при каких-либо «сборищах», митингах, уличных беспорядках по форме студента очень легко было отличить в толпе людей.