Помимо планирования и проведения карательных акций по «очистке тыла», Серов пристально наблюдает за действиями советских руководителей Литвы. Ему очень не понравились настроения и высказывания первого секретаря ЦК компартии Литвы Антанаса Снечкуса, который с возмущением говорил о бесчинствах и грабежах местного населения военнослужащими 3-го Белорусского фронта. Серова задела фраза Снечкуса о том, что в результате такого поведения военных «симпатии к Красной Армии пропадут». Претензии Снечкуса к армии Серов оценил как «политически неправильные» и 20 июля 1944 года написал об этом донесение Берии. Тот счел сигнал Серова настолько важным, что начертал резолюцию: «Переслать сообщение тов. Сталину, т. Молотову и Маленкову. Л. Берия 22.07»>175, что и было сделано 24 июля>176. Также Берии Серов 30 июля 1944 года послал кляузу на наркома госбезопасности Литвы Александра Гузявичюса, в которой писал, что у Гузявичюса «подозрительные связи» и у него пропали какие-то служебные документы>177. С такими заместителями, как Серов, Берия мог быть спокоен – вовремя узнает все и про всех. Никто не скроется от внимания.
С августа 1944 года Серов переключает свое внимание на занятый войсками 1-го Белорусского фронта город Люблин>178, где начинает активную работу по подавлению независимого от Москвы польского национального движения. Теперь его функции от проведения широких полицейских акций по разоружению формирований АК и задержанию их лидеров переросли в политическое строительство. В его задачи входила организация и приведение к власти в Польше нового промосковского руководства. В это же время в Люблине находился присланный туда Сталиным высокопоставленный сотрудник НКГБ комиссар госбезопасности 3 ранга Г.С. Жуков, отвечавший за польские военные формирования и за работу в Польше в целом. Но неожиданно этот явный конкурент попал в опалу. Причиной стало поступившее 24 августа 1944 года письмо на имя Сталина о том, что Жуков «оказал услугу» англичанам, «ложно информировав» советское правительство о положении в польской армии Андерса, добился ее эвакуации из СССР и в дальнейшем «информировал англичан», а в данный момент, как подчеркивалось в письме, находится по распоряжению Сталина в Люблине, и вновь «англичане ему дают задания»>179. В письме нет подписи автора. Вообще-то она была, но нижняя часть страницы оторвана, и в таком виде этот документ оказался в архиве. Сталин знал, кто его написал, но, возможно, сам же «обезличил» письмо. Кто автор этого ловкого навета – нам неизвестно, но Серову все это было явно на руку. Весьма характерно и то, что Серов в своих мемуарах совершенно не упоминает имени Г.С. Жукова – своего предшественника, руководившего польскими делами. Может быть, это комплекс вины, не хотел вспоминать, кого утопил? После этого доноса Жукова из Люблина тут же отозвали. И не прошло и месяца, как его вытурили из госбезопасности и отправили с понижением в Новосибирск на полковничью должность – руководить отделом спецпоселений НКВД.