В присутствии папского нунция дерзкая принцесса и вовсе называла Козимо «жалким женихом» или «никчемным супругом». После подобных выпадов терпение тосканской стороны иссякло. Осенью 1664 года, после очередной крупной ссоры, Маргарита Луиза демонстративно покинула свои покои в палаццо Питти и отказалась возвращаться. Опасаясь бегства жены, Козимо перевез её из города в загородную виллу Лаппеджи под усиленной охраной – принцессу повсюду сопровождали 40 солдат и несколько придворных, следивших за каждым её шагом.
Изоляция в деревне на время остудила конфликт. В 1665 году Маргарита неожиданно пошла на перемирие с семьей Медичи и даже вернулась ко двору во Флоренции. Возможно, этому способствовало рождение в 1667 году долгожданной дочери Анны Марии Луизы. Но мир длился недолго. Вскоре после родов Маргарита тяжело переболела оспой. Болезнь, видимо, подкосила её силы и ещё более ожесточила характер. Козимо, хоть и заботился о жене, не спешил выполнять её желания. Когда в мае 1670 года умер великий герцог Фердинандо II, молодой Козимо III унаследовал тосканский престол, а Маргарита Луиза формально стала Великой герцогиней.
По традиции новых правителей, мать наследника должна была получить место в Тайном совете при дворе. Маргарита возлагала большие надежды на эту роль, рассчитывая приобрести политическое влияние. Однако её ожидания не оправдались: подстрекаемый матерью, Козимо III нарушил обычай и не пустил жену в государственный совет. Вместо этого ей позволили лишь заниматься воспитанием старшего сына, что оскорбило честолюбивую принцессу. Это решение стало последней каплей.
Конфликт Маргариты с мужем и свекровью разгорелся с новой силой. Современники писали, что «палаццо Питти превратился в обитель дьявола, с утра до полуночи оттуда доносятся лишь крики брани и звуки ссор».
Окончательно решив вырваться из несчастного брака, Маргарита Луиза пошла на хитрость. В начале 1672 года она написала двоюродному брату Людовику XIV письмо с просьбой разрешить ей лечение во Франции, уверяя, что серьезно больна – подозревает у себя рак груди. Французский король на этот раз проникся беспокойством. Он направил к кузине своего личного медика – доктора Аллио, лечившего покойную королеву-мать Анну Австрийскую.
План бегства под видом болезни, однако, провалился: врач сообщил, что опухоль у герцогини «вряд ли злокачественная» и посоветовал ей лишь подлечиться на термальных водах. Узнав, что хитрость раскрыта, Маргарита пришла в ярость. Наперекор мужу она стала открыто флиртовать с собственным поваром, устраивая с ним игривые шалости вроде шуточных подушечных боев на глазах у придворных. Эти сценки бросали тень на честь правящей семьи и вызывали новую волну злости у религиозного Козимо.