В дальнейшем Маргарита Луиза постепенно остепенилась, хотя порой и напоминала о своём буйном нраве. Денег ей не хватало: хотя Козимо исправно платил назначенную пенсию, аппетиты герцогини были велики. В 1688 году, накопив долгов, она без стеснения написала бывшему мужу с требованием выслать ей крупную сумму – 20 тысяч крон. Козимо сперва проигнорировал просьбу, тогда Маргарита попыталась воздействовать через сына-наследника. Фердинандо любил мать и переписывался с ней, но ослушаться отца не посмел и отказал ей в деньгах.
В конце концов великий герцог всё же оплатил долги жены, а вскоре её финансовое положение улучшилось само собой – в 1696 году принцесса получила большое наследство от одного из лотарингских родственников. Тем временем в Монмартре произошли перемены. В 1682 году умерла старая настоятельница де Лоррен, которая многое снисходительно прощала строптивой Орлеанской принцессе, даже её угрозы как-нибудь сжечь обитель дотла.
Новая аббатиса, мадам д’Аркур, оказалась гораздо строже. Она не собиралась терпеть безобразия именитой послушницы и часто жаловалась на Маргариту её венценосному двоюродному брату и тосканскому супругу. В ответ Маргарита Луиза довела дело до едва ли не криминала: она грозилась убить настоятельницу ударом топора или пистолета и даже сколотила среди монахинь целую клику против неё.
Чтобы избежать открытого скандала и крови, Козимо согласился на перевод жены в другой монастырь – Сен-Манде под Парижем. Условием было, что герцогиня получит на то особое разрешение французского короля и допустит назначенного Людовиком камергера в качестве надзирателя.
Маргарита сперва отказалась принимать такие условия, и тогда выплаты по её пенсии были приостановлены. Только вмешательство самого короля заставило её уступить. В начале XVIII века Маргарита Луиза переехала в аббатство Сен-Манде. Там к тому времени проживало несколько знатных женщин при монастыре, и Орлеанская принцесса постепенно влилась в их круг.
В Сен-Манде Маргарита словно переродилась. Постаревшая герцогиня больше не бросалась в крайности и даже занялась реформой нравов обители, которую в её свойственной манере называла «духовным борделем». Постоянно отсутствующую настоятельницу, ходившую, к слову, в мужском платье, она настояла удалить, а нарушающих дисциплину монахинь – перевести в другие монастыри.