Помня об изначальной образовательной миссии Музея, Ирина Антонова предложила ректору РГГУ Юрию Афанасьеву организовать на территории университета филиал ГМИИ – музей слепков, где можно было бы проводить занятия для студентов-реставраторов, историков, искусствоведов. Вскоре был открыт Музейный центр РГГУ, позже переименованный в Учебный художественный музей имени И. В. Цветаева.
В поздний период жизни Ирина Александровна взяла на себя труд по реализации двух больших проектов. Первый – строительство Музейного квартала. Второй – возрождение в Москве Музея нового западного искусства, того самого, что был упразднен советской властью вскоре после войны. С этим предложением Антонова обратилась лично к президенту РФ. Большинство представителей музейного сообщества России высказались об идее Ирины Александровны резко критически – ведь в случае создания музея ГМИИ и Эрмитажу пришлось бы отдать в его фонд ценные полотна импрессионистов, работы Сезанна, Ван Гога, Пикассо. Вскоре после этого Ирину Александровну сняли с должности директора ГМИИ с формулировкой «по собственному желанию» и назначили на новый почетный пост – президента Пушкинского музея.
Директором ГМИИ стала Марина Лошак, кандидатура которой была утверждена при участии Ирины Александровны. Сама Антонова продолжила работать в Музее до своей кончины в 2020 году. Ирины Александровны не стало в возрасте девяноста восьми лет. Прощание с ней состоялось в родном Пушкинском музее. Похоронена она была в колумбарии Новодевичьего кладбища рядом с матерью и мужем. Погребение проходило с воинскими почестями, как полагается полному кавалеру ордена «За заслуги перед Отечеством».
Многие годы Ирина Антонова посвятила созданию Музейного квартала. Этот проект будет реализован в ближайшие годы. Музейный городок не просто отражает объективную потребность в расширении ГМИИ – в какой-то степени он подчеркивает преемственность между прошлым и будущим. Ирина Александровна часто повторяла, что идея городка принадлежала еще Ивану Цветаеву, поэтому ее осуществление – долг одновременно и перед прошлым, и перед грядущим временем, перед теми людьми, которые стояли у истоков ГМИИ, и теми, что будут посещать его в последующие эпохи.
Ирина Антонова руководила Пушкинским музеем дольше, чем другие директора – более полувека. Именно при ней Музей обрел международное признание. В знак высоких заслуг Ирины Антоновой в 2021 году на здании ГМИИ была установлена мемориальная доска. Таким образом, память об этой выдающейся женщине оказалась окончательно соединена с Музеем, которому она служила.