Важным шагом в повышении научного статуса Музея стала организация при нем аспирантуры. Это во многом было связано с тем, что в стране почти нигде не готовили специалистов по западному искусству. Большой вклад в развитие Музея внес Борис Виппер, усилиями которого на постоянной основе устраивались конференции и научные сессии.
Полным ходом шла подготовка к открытию музейной экспозиции, реставрация пострадавших во время войны памятников. С ростом числа экспонатов Музею потребовались новые помещения. Сначала их изыскивали внутри уже имеющегося здания – за счет упразднения жилищного фонда, ведь часть Музея по воле обстоятельств была заселена людьми (количество жильцов достигало свыше пятидесяти человек). Окончательно вопрос об их расселении был решен лишь в 60-е годы. Столь же долгоиграющей оказалась проблема протечек крыши, которые угрожали шедеврам вплоть до середины 70-х, пока директор Музея Ирина Антонова не написала об этом лично председателю Совета министров СССР А. Н. Косыгину[2].
С большим энтузиазмом сотрудники Музея приняли в экспозицию шедевры из Дрезденской галереи и других немецких музеев, оказавшиеся по окончании войны на территории Советского Союза (так называемые перемещенные ценности). Новая экспозиция, частью которой теперь стала «Сикстинская мадонна» Рафаэля, обещала значительно поднять престиж Музея. Однако незадолго до открытия экспозиции власти приказали ее ликвидировать. В силу политических или юридических причин советское руководство решило не выставлять дрезденское собрание на всеобщее обозрение. Его отделили от основной – исконной – коллекции и показывали в двух залах в особом порядке. «Перегруппировка» экспозиции была проведена в большой спешке при помощи подразделения солдат. Только в 1955 году экспонаты Дрезденской галереи удостоятся полномасштабной выставки в ГМИИ, после чего их возвратят в Германию.
В послевоенное время в стране происходил рост идеологического давления. Это сказывалось и на жизни Музея. Началась кампания против безыдейности, аполитичности, формализма в искусстве. Участились проверки, ревизии. Под давлением властей вместо показа работ старых мастеров проводились выставки «30 лет Советских Вооруженных сил», «30 лет ВЛКСМ».
Вскоре С. Д. Меркурова сняли с поста директора.
Еще один удар был нанесен Музею, когда в ГМИИ открылась большая выставка подарков Сталину, приуроченная к семидесятилетию вождя (1949). По сути, юбилейная выставка заменила собой постоянную экспозицию, тем самым поставив Музей на грань вымирания. Сотрудники ГМИИ не участвовали в подготовке выставки, и вскоре значительная их часть за ненадобностью была уволена. Тем не менее выставка имела грандиозный успех у населения, не ослабевавший до самой смерти Сталина. К сожалению, разные диковинные поделки оказались более интересны публике, нежели произведения искусства. Несмотря на это после кончины вождя Музей был возрожден в прежнем виде.