Изучение такого сложного вопроса, как организация естественно-научного образования в российских университетах на протяжении более чем ста лет, затрагивает различные аспекты, каждый из которых имеет обширную историографию. Это и университетские уставы, университетское образование в целом и история отдельных университетов, профессора и студенты как представители университетской корпорации, университетская наука и история повседневности.
Поиск особенностей формирования и развития естественно-научного образования в университетах Российской империи, которое неизменно зависело от образовательной политики государства, традиций каждого университета, самих профессоров и было тесно связано с научной работой преподавателей и студентов, ставит перед исследователем сложную задачу формирования историографического обзора. В первую очередь следует отметить тот факт, что в отечественной историографии нет исследования, которое было бы посвящено истории естественно-научного образования в университетах Российской империи, но в то же время каждый труд по истории университетского образования или по истории отдельных университетов затрагивает вопросы, связанные с развитием естественно-научного образования. Это связано с тем, что история университетов Российской империи представляет собой единый процесс, когда те или иные события общей образовательной политики и частное их отражение в различных учебных заведениях влияли и на функционирование университетов в целом, и на деятельность естественных отделений.
Дореволюционный этап развития историографии характеризуется значительным преобладанием числа работ по истории отдельных университетов, написанных к их юбилеям. Все они освещают историю университетов с позиции официальной историографии – история университета рассматривается как смена событий, без фокусировки на социально-политических причинах реформ и их последствиях. История университета в них – это преимущественно история профессоров, нежели история студентов. Несмотря на то что в той или иной степени все эти работы касаются отдельных аспектов организации учебного процесса, сведения даны в виде нарратива, а концептуальная оценка исторических условий чаще всего отсутствует. Речь идет о работах С. П. Шевырева, В. В. Григорьева, М. Ф. Владимирского-Буданова, А. И. Маркевича, Д. И. Багалея, Н. П. Загоскина, Е. В. Петухова, Н. Н. Булича