Кризис переживало и масонство союза Великой ложи Франции. Так, к 1997 году фактически прекратила свои работы московская ложа «Лютеция», и в составе этого «послушания» осталась лишь одна ложа «Николай Новиков» (Москва).
Несмотря на успехи в международном признании, с 1998 года в русском регулярном масонстве также назрел внутренний кризис, связанный с вмешательством полит-технологов в процессы развития. 6 апреля 2001 года в регулярном масонстве произошел первый раскол. 6 лож: «Гармония» (№ 1), «Лотос» (№ 2), «Астрея» (Санкт-Петербург, № 3), «Юпитер» (№ 7), «Четверо коронованных» (№ 8), «Орион» (№ 15) создали Русскую регулярную великую ложу, которая насчитывала более 100 членов.
И только 30 июня 2007 года, после череды новых расколов внутри Великой ложи России, смены трех великих мастеров, значительная часть членов Великой ложи России объединилась с Русской регулярной великой ложей.
Вновь образованная объединенная масонская структура приняла решение об образовании новой Великой ложи. 11 октября 2008 года на своей Представительной Ассамблее в г. Санкт-Петербурге Объединенная великая ложа России (ОВЛР) была окончательно сформирована и обрела свою новую Конституцию и Генеральный Регламент.
На Ассамблею прибыли с официальным визитом делегации из Великой ложи Франции, а также от Великих лож, состоящих в дружественных отношениях с Великой ложей Франции, – Великой национальной ложи Румынии, Великой национальной ложи Сербии, Объединенной великой ложи Латвии. В присутствии братьев Объединенной великой ложи России и иностранных делегаций был подписан Договор о дружбе между Объединенной великой ложей России и Национальной великой ложей Румынии.
Вся эта скрытая от посторонних глаз борьба сопровождалась дальнейшими перетасовками в российской правящей верхушке. Николай Смоленцев-Соболь пишет:
«Группа Чубайса, поддерживаемая западной элитой, постоянно схлестывалась с группой масонов из числа бывших сотрудников КГБ. Последняя после прихода Путина к президентскому посту активно наращивала мускулы и… укрепляла связи с той же западной масонской элитой.
Один яркий пример. Из питерской команды Путина обращает на себя внимание Виктор Иванов, получивший прозвище «кремлевский Борман». Кадровый офицер КГБ, Виктор Иванов создавал фирмы «Блок» и «Борг» вместе с Борисом Грызловым и Николаем Патрушевым. Знакомые фамилии?.. Однако Виктор Иванов пошел другим путем: в 1996–1998 годах он руководит российско-американским ЗАО «Телеплюс», которое занимается организацией трансляции 30 спутниковых каналов, включая «CNN» и «Euronews».