Генерал-прокурор Ягужинский всегда жил на широкую ногу и тратил огромные суммы на обстановку, слуг, экипажи. У него были лучшие в столице кареты – даже Петр I частенько одалживал их для своих выездов. Государь любил бывать в доме Ягужинского – там было всегда весело. Возможно, именно поэтому царь, прививая российским дворянам европейский «политес», возложил на Ягужинского еще одну обязанность – надзор за проведением так называемых ассамблей.
После смерти императора прокуратура как государственный орган утратила свои позиции. Тем не менее генерал-прокурор, во многом благодаря своему уму и ловкости, сумел сохранить благосклонность Екатерины I. Он одним из первых сановников представил ей записку «О состоянии России», в которой проявил себя истинно государственным человеком – в частности, предлагал ряд мер для «внутренней и внешней целостности государства». Однако прокуратура императрицу волновала мало, Сенат также оказался в тени. На первое место в государстве выдвинулся так называемый Верховный тайный совет, образованный 8 февраля 1726 года, – он-то и управлял всеми делами.
В августе 1726 года Ягужинский назначается полномочным министром при польском сейме в Гродно. Обязанности генерал-прокурора стал выполнять обер-прокурор Бибиков, а затем его сменил Воейков.
При вступлении на престол в 1730 году Анны Иоанновны Ягужинский пережил несколько неприятных моментов. Дело в том, что ряд сановников («верховники») вздумали ограничить власть императрицы. Вначале Ягужинский примкнул к ним и также высказывался за ограничение самодержавной власти монарха. Но затем политическое чутье подсказало ему иной путь, и он решил предупредить Анну Иоанновну о заговоре «верховников». В Митаву, где находилась императрица, было послано доверенное лицо – камер-юнкер Сумароков с письмом и устными наставлениями. Ягужинский писал, что идею ограничения власти монарха предлагает лишь небольшая кучка людей, и давал совет Анне Иоанновне, как ей надобно поступить, когда к ней прибудут посланники от Верховного тайного совета. Однако на обратном пути Сумароков был арестован.
2 февраля 1730 года на совместном заседании Верховного тайного совета, Синода и Генералитета Ягужинский был обвинен в измене, арестован и посажен в Кремлевский каземат. У него отобрали шпагу, ордена, а все бумаги опечатали. Генерал-прокурора подвергли интенсивным допросам. Арест ближайшего сподвижника Петра I наделал много шума в Москве. Жителям столицы с барабанным боем было объявлено, что Ягужинский арестован за письмо к императрице, содержание которого «противно благу отечества и Ее величества». Со дня на день ожидали, что Ягужинский будет казнен. Однако заговор «верховников» провалился, последовали казни и ссылки, а Ягужинский вновь возвысился.