Введение аттестационных комиссий, нового порядка аттестования широко обсуждалось в военной среде, при этом существовали мнения как за, так и против. В работах В. И. Доманевского, Я. В. Червинки, Б. Панаева, Г. М. Ладыженского высказывались мысли о проблемах аттестации, которые нуждались в тщательном изучении, в первую очередь в вопросах объективности аттестаций и всесторонности характеристики аттестуемого. Г. Ладыженский писал: «Теперь создается высшая аттестационная комиссия. Эта прекрасная мера будет приносить пользу только тогда, когда в комиссию будут поступать аттестации беспристрастно, умно и точно характеризующие личность. Иначе весь командный состав наш будет опять делиться только на две категории: на «хороших знакомых» и «вовсе незнакомых».
А. З. Мышлаевский в качестве начальника Главного штаба, имевшего постоянное соприкосновение с бытом войск, указывал на новые явления: на «недоумение и беспокойство в верхних и средних слоях офицерского состава», вызванное, по его мнению, непопулярностью вновь введенного аттестационного порядка, принудительным увольнением по предельному возрасту и «неопределенностью новых требований»; на пропаганду среди «самого молодого офицерского состава», которая уже «достигла некоторых успехов».
Недостатки проводимой работы по упорядочению должностного роста офицеров были заметны в военной среде. Принимаемые попытки их устранения были очень инертны, так как они подвергались торможению и сопротивлению со стороны заинтересованных лиц. Вследствие этого протекционизм не был искоренен окончательно. Факты назначения на высшие должности по протекции продолжали появляться и в период Первой мировой войны. Тем не менее в основном аттестование командного состава положительно отразилось на повышении профессиональных качеств офицеров и генералов.
Е. Месснер и др. считали, что «…сознательной несправедливости и протекционизма при аттестовании не наблюдалось… редки были случаи составления необъективных аттестаций и не бывало выдвижений по службе на основе недопустимой, вредной протекции. Протекции не было. Привилегии были…». П. К. Кондзеровский признавал, что ошибки в назначениях были. Это он связывал с традиционной «русской добросердечностью» и с тем, что члены Высшей аттестационной комиссии весьма плохо знали большинство строевых начальников. Отрицая в принципе протекционизм, он в своих воспоминаниях противоречил себе. По его же словам, «…бывали случаи, что генералы, кандидатуры которых уже были однажды отклонены Высшей аттестационной комиссией и которые действительно не были достойны выдвижения, вновь настойчиво представлялись Командующими войсками на выдвижение».