В 1941 г. ему присуждают Сталинскую премию за работу в области теории компаса.
Начинается война. Несмотря на протесты Алексея Николаевича, его эвакуируют в Казань, где он продолжает работать в качестве постоянного эксперта технического совещания и члена комиссии по научно-техническим военно-морским вопросам Академии наук СССР.
В конце войны он живет в Москве и продолжает активно консультировать военно-морской флот. В связи с 80-летием А. Н. Крылову присваивают звание Героя Социалистического Труда.
В июне 1945 г. его награждают третьим орденом Ленина. В сентябре он переезжает в Ленинград.
1 октября 1945 г. он выступал перед личным составом Высшего военно-инженерного училища им. Ф. Э. Дзержинского, а 26 октября скончался в возрасте 82 лет.
После смерти Алексея Николаевича Крылова Советское правительство приняло постановление об увековечивании его памяти – издании собрания его трудов. В 1956 г. в свет вышло собрание сочинений из 12 томов, общим объемом более 600 авторских листов. В ряде вузов были учреждены стипендии им. А. Н. Крылова. Ряду учреждений и кораблей присвоено его имя. Академия наук СССР присуждает регулярно премии А. Н. Крылова. Сначала Морская академия носила имя А. Н. Крылова. Но потом при всяких реорганизациях и слияниях имя это она утратила, так до сих пор его и не восстановила, а жаль!
О значении деятельности Алексея Николаевича Крылова написано много трудов. Наиболее значителен сборник «Памяти Алексея Николаевича Крылова» (М.; Л.: Изд-во АН СССР, 1958 г.). В нем собраны статьи, в которых дана оценка работ А. Н. Крылова в области кораблестроения, математической физики и механики, астрономии, теории корабля, баллистики, оптики, теории магнитных и гирокомпасов, педагогики, а также строительства Военно-Морского Флота СССР, развития вооружения и изучения естественных производительных сил России. Статьи написаны ведущими учеными, корабельными инженерами, преподавателями и военными специалистами страны.
В 1967 г. издательство «Наука» напечатало биографию «Академик Алексей Николаевич Крылов», написанную проф. И. Г. Хановичем.
К 100-летию со дня рождения А. Н. Крылова, которое торжественно отмечалось, Академия наук СССР организовала фотовыставку, составленную С. Т. Лучининовым, «Жизнь и деятельность выдающегося ученого Алексея Николаевича Крылова». Многие фотографии с этой выставки помещены в настоящем издании.