К тому времени маньчжурские войска уже год вели необъявленную войну против русских. На реке Зее, в современной Амурской области, появился маньчжурский «фудутун» (генерал-губернатор) Лантань с 10-тысячным войском при 172 пушках. Воины Лантаня, среди которых были маньчжуры, китайцы, корейцы и даже два десятка голландских офицеров-наёмников, уничтожили несколько «острожков» и зимовий русских первопроходцев, а затем осадили Албазинский острог, в котором оборонялось четыре сотни казаков при всего 3 орудиях. Одновременно в Забайкалье русским острогам угрожали монголы, союзные маньчжурскому императору. При этом Российское государство на всём огромном пространстве от Байкала до Амура имело не более двух тысяч стрельцов и казаков при 21 пушке.
Казалось, ещё чуть-чуть, и осуществится ультиматум императора Сюанье, грозившего «вернуть русских в Якутск». Но бои вокруг Албазина, несмотря на численное превосходство маньчжурских войск, продлились два года, ошеломив империю Цин упорством и боеспособностью русских воинов. В итоге два государства в августе 1689 года начали первые переговоры о том, где же пройдёт их общая граница.
С русской стороны вопрос о будущей границе решал приехавший из Москвы боярин Фёдор Алексеевич Головин. Русское правительство соглашалось признать за империей Цин земли к югу от Амура. Инструкция, написанная для Головина боярами и дьяками Посольского приказа, гласила: «Учинить непременно рубеж по реке Амур, давая знать, что кроме оной реки, издавна разделяющей оба государства, никакая граница не будет крепка, также чтобы подданные обеих государств с одной стороны в другую за реку Амур не переходили…»
Но маньчжурские послы требовали куда большего – в Пекине хотели, чтобы граница прошла по реке Селенге и озеру Байкал. Император Сюанье всё ещё хотел отодвинуть русских далеко на северо-запад, «вернуть в Якутск». Маньчжуры никогда не владели землями у Байкала, но, как пересказывал их доводы в докладах московскому начальству посол Головин, логика требований из Пекина была простой – «что все те земли от Байкала-моря были владения хана монгольского, а монгольцы все издавна подданные их китайского хана».
Боярин Фёдор Алексеевич Головин
Для России переговоры были сложными. Далеко на западе страна вела тяжелую войну с Турцией, русские войска в те дни безуспешно пытались прорваться в Крым. Непростым было и внутреннее положение – в 1689 году как раз началась открытая борьба за власть молодого царя Петра I с царевной Софьей и её сторонниками.