В итоге крепости Партенопейской республики пали одна за другой. Сначала капитулировала крепость Кастелламаре, потом два замка – Кастель д’Уово и Кастель Нуово, где находились французы и наиболее скомпрометированные республиканцы Неаполя. По условиям этих «капитуляций» кардинал Руффо обязывался разрешить французским гарнизонам укреплений выйти из замков с военными почестями, с оружием и военным имуществом, с развернутыми знаменами, с двумя заряженными пушками. Все итальянские республиканцы, укрывшиеся в замках, как мужчины, так и женщины, точно так же получали гарантию личной безопасности, и им предоставлялся свободный выбор: либо вместе с французским войском перейти на корабли, которые их доставят в Тулон, либо остаться в Неаполе, причем им гарантировалось, что ни они, ни их семьи не подвергнутся никакому насилию. Этот документ был подписан французами 10 (21) июня, кардиналом Руффо и представителями Ушакова и Кадыр-бея 11 (22) июня 1799 г., а 12 (23) июня он был подписан представителем Нельсона капитаном Футом.
3 июня отряд Белли вместе с войском Руффо вошел в Неаполь. Через 10 дней туда заявился и Нельсон, разумеется, вместе с четой Гамильтонов. Нельсон сразу же объявил, что он не признает подписанной русскими и его же представителем Футом капитуляции. Даже кардинал Руффо был возмущен этим и заявил, что ни он, ни его войско не будут участвовать во враждебных действиях против французов.
Понадеявшиеся на честное выполнение условий капитуляции, французы и неаполитанские республиканцы вышли из укрепленных замков. Кое-кто из них успел даже пересесть на транспорты, которые отходили в Тулон. Но транспорты были остановлены по приказу Нельсона, и все были арестованы. Целую неделю в Неаполе и других городах королевства продолжались дикие расправы над французами и республиканцами. Погибло не менее 5 тысяч человек.
Современный британский историк Джонатан Китс писал: «Вмешательство английского адмирала Горацио Нельсона во внутренние дела Неаполитанского королевства – самая бесславная страница в его биографии, и ее вообще могло бы не быть, не поддайся он действию чар леди Эммы Гамильтон».[53]
В июне 1799 г. Нельсон сообщил Ушакову о проходе через Гибралтар соединенного французского флота. Не полагаясь особо на англичан, Федор Федорович решил собрать всю эскадру. Соответственно, Пустошин и Сорокин получили приказ следовать в Корфу.