Отбиваясь от натиска начальства, архимандрит в 1918-м пишет окончательную редакцию «Исповеди священника перед Церковью» и в следующем году издает ее отдельной книгой. Она выходит при втором воцарении в Киеве большевиков, скорее всего летом. Весна и лето 1919-го были страшным временем показательных массовых расстрелов представителей «чуждых классов». Но отца Спиридона, священника рабочих, пока не трогали.
Он продолжал служить в своем стиле, не прекращая и широкой социальной и просветительской работы.
Экземплярский в канун 1918 года в обращении к читателям «Христианской мысли» высказал убеждение, что уже «близок час духовного пробуждения народа, тоски по Богу и искания Его правды. Задача всех церковных людей сделать все возможное, чтобы утолить эту жажду духовную». Архимандрит Спиридон считал Василия Ильича своим «отцом во Христе» и, конечно, стремился осуществить на деле их общее упование.
Изданием своей «Исповеди» архимандрит хотел показать причины своего протеста против господствовавших в Церкви нравов, которые приводили ее к параличу, отрывая от источников духовной энергии. После выхода книги многие читатели его поддержали, но многие испытали смятенье (если не возмущение). В 1920-м он издал еще одну свою книгу «Царь христианский», в которой в форме притчи описывал губительность для христиан стремления руководствоваться в своих поступках «государственными» задачами, патриотизмом или еще какой-либо идеологией, отодвигая на задний план заповеди Нового Завета.
Священник и экстраординарный профессор киевской духовной академии Алексей Чекановский (в близком будущем – обновленческий архиерей, перешедший на службу в просоветскую «церковь») во внутренней рецензии на «Исповедь» архимандрита подчеркивал, что эта книга в основном представляет собой автобиографию автора, пересыпанную критикой церковно-практической и общественно-государственной жизни христиан. Таких книг, считал рецензент, «очень много появилось за последнее время».
Мировая война, Февральская революция и большевистский переворот, гражданская междоусобица, смертельные эпидемии, голод, разруха, бесконечные смерти и деформация привычных реалий и понятий – все это привело к взрывному появлению и лавинообразному разрастанию в обществе многочисленных групп, кружков, течений (от художественных и философских до эзотерических и квазирелигозных). Писатель Илья Эренбург, оказавшийся в Киеве тех дней, вспоминал: «То была эпоха проектов! Кажется, во всех учреждениях Киева седовласые чудаки и молодые энтузиасты разрабатывали проекты райской жизни на земле». Толстовцы, вегетарианцы, теософы, скифы, чуриковцы, анархисты разных оттенков и прочие. Их адепты критиковали старый миропорядок, старую Церковь, религию, социальные порядки как начала, помогавшие господствующим классам порабощать человека. Все они, так или иначе, озаботились освобождением человечества, оснащением его новым, прогрессивным, учением, духовным и социальным перевоспитанием для грядущего «светлого» завтра. В массовом масштабе по городам и весям распространялись типографские листки, брошюры и плакаты, в которых православное духовенство изображалось предателями учения Христа. Подобные агитационные материалы возлагали на Церковь и ее служителей ответственность за пороки капитализма, за кровавую мировую войну и земную неправду, за обнищание масс. «Попы» и духовные власти изображались вместилищем пороков и лицемерия. Они же объявлялись тормозом прогресса и развития в сторону утопического всеобщего счастья.