В 1806 году, вместе с разгромом прусской армии, погибло и Военно-научное общество. Единственным результатом его деятельности было известное расслоение прусского офицерства: Шарнхорст приобрел здесь ряд горячих единомышленников, которые затем стали его сподвижниками по военной реформе; но общество кристаллизовало и противоположную группу – врагов реформы – Кнезебека, Борштеля, Лестока и других. Интриги и козни против Шарнхорста ведут свои корни отсюда.
Другой точкой приложения энергии Шарнхорста явилась военная школа. Еще Фридрих II после окончания Семилетней войны, чтобы несколько поднять образовательный уровень своих офицеров, почти сплошь получивших «общее образование дома, а военное – на службе», то есть не окончивших никакой школы, установил в 1763 году в важнейших гарнизонных городах «институты молодых офицеров»; в них собиралось некоторое количество офицеров на зиму для изучения общеобразовательных и военных предметов без какой-либо твердой программы. Такой институт в Берлине к 1801 году обратился в двухлетнюю офицерскую школу, влачившую, впрочем, жалкое существование.
Шарнхорст решил реформировать институт, разбив его на две части: первая должна была представлять как бы подготовительный факультет, а вторая, для уже подготовленных слушателей, Военную академию, которая в течение трех лет давала бы законченное высшее образование. Сам Шарнхорст стал фактическим директором этой военной школы. Свою реформу ему удалось осуществить только к 1804 году.
В 1806 году, после йенской катастрофы, военная академия также распалась. Но та полуакадемия, которую застал Шарнхорст в 1801 году, сразу зажила подлинной научной жизнью. Программа резко изменилась. В 1803 году в ней читались лекции по стратегии – Пфулем и самим Шарнхорстом. Изучение военной истории и работа слушателей над решением конкретных тактических задач, прикладной метод, ныне признанный повсюду, были выдвинуты на первый план. И Шарнхорст мог быть доволен результатом подготовки своего выпуска: из двух десятков его учеников девять человек попали по конкурсу в Генеральный штаб, а пять других заняли более или менее ответственные посты в армии. Первым в этом выпуске, на который Шарнхорст не пожалел своих трудов, стоял Клаузевиц. Единомышленники, друзья и наследники подрастали…