Ощущения и взгляды Шарнхорста на театре войны менялись. Чем ближе подходил прусский король к миру с Францией, тем воинственнее становился Шарнхорст. Боевая жизнь брала свое. «Мне стыдно признаться, – заявляет он вдруг в письме к жене, – я нахожу удовольствие в этом постыдном занятии…» Начальство еще не изменило своего отношения к Шарнхорсту: «Генерал Трев (начальник артиллерии) не благоволит ко мне. Он не может забыть, что я не гну перед ним по-рабски спину и говорю как свободный человек».
Однако популярность Шарнхорста в рядах армии с каждым боем увеличивалась, особенно во время начавшегося отступления англо-ганноверской армии. После поражения у Хондшоте он самовольно появился в арьергарде армии и по своей инициативе стал распоряжаться спасением отступающих войск. Его понимание карты и местности, обширные технические знания, умение сообразовываться с новейшими тактическими требованиями стали известны высшему командованию.
Особенную популярность он приобрел после осады Менэна. Две тысячи немцев были осаждены в слабой крепости Менэн двадцатитысячным французским корпусом генерала Моро. Шарнхорст в должности начальника штаба генерала Гаммерштейна руководил обороной Менэна. Когда все средства защиты крепости были исчерпаны, Шарнхорст предложил, вместо капитуляции, сделать попытку пробиться. Прорыв осажденного гарнизона, путем ночной атаки, удался. Благодарности от английского короля за это исключительное дело Шарнхорст, впрочем, не получил.
С Шарнхорстом давно уже начали советоваться в трудных случаях. В 1794 году, когда положение на театре войны изменилось к худшему, он был назначен генерал-квартирмейстером ганноверского контингента. Шарнхорст сразу же отказался от разброски войск кордоном и провел весьма важное мероприятие. До него контингент состоял из отдельных полков и батарей; в каждом отдельном случае из этих частей импровизировались отряды, с временным командованием во главе. Шарнхорст, с его сильнейшей тягой к организации, упразднил эту импровизацию и заменил ее постоянным делением войск на бригады из трех родов войск, с постоянным командованием и штабом. Для немцев это было крупнейшим новшеством. Под давлением общественного мнения пришлось пойти на производство Шарнхорста в майоры; впрочем, новоиспеченному майору сохранялось прежнее капитанское жалованье.