В разговоре с мужем Евдокия, повидимому, проявила определенную твердость и показала свой характер. Беседа Петра с женой не привела ни к чему. Государь прибегнул к силе. Недели три спустя царевна Наталья Алексеевна, исполняя волю брата, увезла царевича Алексея из кремлевских палат в Преображенское, оторвав восьмилетнего мальчика от матери, а 25 сентября, как пишет Гордон, волеюневолею, в самой простой карете, без свиты, Авдотья Федоровна отправлена в суздальский Покровский девичий монастырь.
«Со всем почтением, – пишет историк М. М. Щербатов, – которое я к сему великому в монархах и великому в человеках в сердце своем сохраняю, со всем чувством моим, что самая польза государственная требовала, чтоб он имел кроме царевича Алексея Петровича законных детей, преемниками его престола, – не могу я удержаться, чтобы не охулить развод его с первою его супругой, рожденною Лопухиной, и второй брак, по пострижении первой супруги, с пленницею Екатериною Алексеевною… Пусть монарх имел к тому сильные причины, которых однако ж я не вижу, кроме склонности его к Монсовым, сопротивления жены его новым установлениям». В чем заключалась вина царицы перед своим мужем? Сие, писали историки прошлого, остается тайною. Некоторые иностранные писатели (Левек, Вильбоа, Лекрерк) уверяли своих читателей в том, что удалению Евдокии Федоровны из первопрестольной особенно содействовал А. Д. Меншиков (не утверждали ли они чьюто версию, отводя гнев на Меншикова, зная, что причина в другом?). Меншиков, писали они, в это время был в фаворе, имел сильное влияние на «ум и волю государя». Прочитаем строки, написанные Вильбоа: «Гордая царица не любила Меншикова, как безвестного простолюдина, взятого с улицы и изпод пирожкового лотка поставленного на ступенях трона. На ее презрение царский фаворит отвечал ненавистью и умел подвигнуть государя к ссылке и заточению Лопухиной». Но согласимся с тем, что о ту пору, как говорили в старину, Александр Данилович не был еще настолько силен, чтобы руководить действиями и волей Петра. Он еще только набирал силу, приглядывался и оглядывался.
В июне 1699 года окольничий Семен Языков объявил архимандриту суздальского СпасоЕфимьева монастыря Варлааму именное царское повеление. Согласно повелению, пострижена была Евдокия Федоровна в келии старицы Маремьяны, под именем инокини Елены.