Внутри корпуса кораблей делили горизонтальными настилами – палубами-деками. Их могло быть две (двухдечный корабль) или три (трехдечный корабль). О принудительной вентиляции корабельных помещений тогда даже не имели представления. Постоянно проникающая в трюм вода вызывала гниение корпуса и, что самое главное, отравляла воздух внутри корабля, делая его почти невыносимым для дыхания.
Недоброкачественная провизия, испортившаяся в деревянных бочках вода, недостаточно хорошая одежда и неблагоприятные гигиенические условия, общие, впрочем, всем флотам того времени, способствовали болезням и большой смертности. Порой из-за этого в сильные ветра малочисленные команды были просто не в состоянии выбирать якоря и, чтобы вступить под паруса, приходилось попросту рубать топорами якорный канат. Нередки были случаи, когда суда даже на небольшой качке теряли бушприты и мачты. При непрочном такелаже и парусах, некачественно выкованных якорях и ненадежных канатах опасность угрожала судам не только в море, но и на якоре. Следствием этого были частые крушения и гибель судов.
Усовершенствования же внедрялись на нашем парусном флоте с большим трудом. И все же конструкция кораблей и судов постепенно совершенствовалась. Так, во второй половине 90-х годов XVIII века во внутреннем креплении трюма начали применять металлические детали, а подводную часть корпуса обшивать медью. В начале XIX века повсеместно заменяли транцевую корму более прочной – сферической. Особенно много копий было сломано в нашем флоте в конце XVIII века по введению сплошной палубы, соединяющей бак с ютом и закрывающей шканцы. Это нововведение представляло существенные удобства как для управления парусами, так и для легчайшего спуска баркаса и, наконец, давало новую закрытую батарею. Когда же для опыта в Черном море были построены два линейных корабля с закрытыми шканцами, приверженцы старины во главе с вице-адмиралом Ушаковым нашли это нововведение неудобным и опасным. Они считали, что установка орудий на возвышенной части палубы уменьшает устойчивость корабля, а в закрытой палубе пороховой дым будет затруднять действия орудий. Борьба сторонников и противников этого нововведения растянулась на много лет, пока его выгодность и перспективность не стали очевидными для всех.