В должности игумена Евгения усилила свое рвение в служении Господу. Она трудилась наравне со всей братией, неукоснительно соблюдала монастырский устав и жила в привратнической келье. Все то время, что она провела в святой обители, ни один из монахов, кроме преданных рабов Прота и Иакинфа, не подозревал о том, что настоятель монастыря не праведный муж, а молодая дева. Эта тайна могла бы и не быть раскрыта, если бы не один случай. Святая всегда помогала страждущим. Однажды к ней с просьбой о помощи явилась вдова Мелания. Евгения благословила ее крестным знамением, и женщина получила долгожданное излечение от недуга. Но дьявол не хотел отпускать свою добычу и научил неблагодарную вдову обратиться в суд с обвинением игумена (Евгении) в совершенном насилии над вдовой. В те времена судьей был бывший наместник египетского правителя, то есть отец Евгении. Родной отец узнал дочь, прибывшую на суд в монашеском одеянии. Она раскрыла причину своего бегства и подвигла родителей к обращению к Христу.
Справедливость была восстановлена, и клеветницу Меланию осудили за навет. Счастливые родители возрадовались неожиданному возвращению горячо любимой дочери, которую они уже и не чаяли когда-либо увидеть. Духовное величие Евгении потрясло ее родителей, и вскоре они приняли святое крещение. Осознав тщету мирской суеты, император отрекся от престола и начал вести праведную жизнь. Многие люди, воодушевленные этим примером, обратились к истинной вере. Через некоторое время бывший император был возведен в сан епископа. Такая любовь народа к бывшему правителю пришлась не по душе новому императору, и он подослал к епископу наемных убийц.
Трагическая гибель отца побудила Евгению вернуться в родовое поместье возле Рима, где прошли ее детские годы. Вместе со своей матерью Клавдией Евгения устроила странноприимный дом, который стал тихой гаванью для безутешных вдов.
Молва о христианских подвигах Евгении передавалась из уст в уста и распространялась, как круги по воде. Множество страждущих со всех концов Римской империи прибывали к ней с различными просьбами и надеждой обрести душевный покой. Никому Евгения не отказывала и делала все, чтобы каждый паломник получил желаемое. Однажды в ее дом пришла прекрасная осиротевшая девушка из царской семьи. Ее звали Василлиной. Девушку, как в свое время и Евгению, вынуждали к замужеству. Но Василлина не могла пойти на такой шаг, так как видела свое истинное предназначение в служении Господу. Евгения приняла беглянку и, вняв просьбе девушки, окрестила ее.