В пять часов пополудни 25 июня на корабле «Три Иерарха» собрался военный совет, в котором приняли участие граф Алексей Орлов, адмирал Спиридов, цейхмейстер Ганнибал и «со всех кораблей и прочих судов командиры». На основании доставленных Грейгом данных было решено в ночь на 26 июня атаковать неприятеля. Тогда же было решено ввести в бухту три-четыре корабля, при большем их количестве нельзя было бы свободно маневрировать. Отряду предстояло вступить в артиллерийский бой, а затем, выбрав удачный момент, произвести атаку брандерами.
«А дело оных (брандеров) состоит в том, дабы они, пришед в неприятельский флот, оный зажгли», – поставил задачу Алексей Орлов в приказе.
Мысль о сожжении турецкого флота брандерами пришла к русским морякам значительно раньше военного совета. Сразу после дневного сражения 24 июня в своем журнале-дневнике Грейг писал: «В русском флоте не было брандеров, которых можно было бы пустить на турецкие суда, пока они находились в беспорядке и паническом страхе…» Тогда же была начата и подготовка самих брандеров, руководил которой цейхмейстер Ганнибал. Им были отобраны четыре относительно крупные и быстроходные полушебеки, которые были взяты у владельцев-греков. Известны двое из владельцев – Варваций и Гранопуло (дети последнего впоследствии купили остров в Петербурге, названный их именем). Суда загрузили бочками с порохом и смолой, вдоль палуб уложили набитые пороховой мякотью шланги-сосисы, а сами палубы пропитали скипидаром. К вечеру 25-го числа брандеры были готовы.
Одновременно Ганнибал занимался и подбором команд на суда. Нижним чинам была обещана денежная премия, офицерам – повышение звания и ордена. В охотниках недостатка не было, отбирали лучших. Особое внимание обращали на подбор артиллеристов и командиров. Ганнибалу вменялось в обязанность на каждый из брандеров назначить по одному надежному артиллеристу, который по приказу брандерного командира, сцепясь с неприятельским кораблем, должен был «зажечь брандер и в точном действии, чтобы оный загорелся, и неприятельский корабль, не отцепясь от него, точно сжечь».
Трех брандерных командиров определили быстро; мичман Гагарин, лейтенант Макензи и капитан-лейтенант Дугдаль. С четвертым дело обстояло сложнее. Ганнибал предложил на эту должность лейтенанта Ильина, которого он видел в бою 24 июня (Ганнибал находился в то время на «Громе»). Не возражали, видимо, и хорошо знавшие Ильина Спиридов и Грейг. Было лишь одно препятствие: лейтенант находился на «Громе» и вел бой с турецким флотом. И все же решили именно ему доверить вести в огонь последний брандер: настолько непререкаемы были авторитет и боевое мастерство командира мортирной батареи на эскадре. Не последнюю роль сыграло здесь и то, что Ильин за время пребывания на «Громе» хорошо изучил расположение турецкого флота и мог безошибочно выбрать цель для атаки.