Уналашка – большой, закрытый туманами, голый остров вулканического происхождения, подверженный частым сильным ветрам, в то время с населением около 500 человек, главным образом местных алеутов. Ещё 1000 человек, разбросанных по соседним островам, относились к тому же приходу. Большинство людей было крещено ещё первыми миссионерами; однако уже много лет они не видели священника и постепенно отходили от христианства. На острове не было церкви – лишь старая, развалившаяся часовня. Отец Иоанн построил церковь фактически своими руками и освятил её в 1826 году. От начала своего служения и до конца дней своих он уделял большое внимание церковной школе и пастырской педагогической деятельности. По прибытии своём на о. Уналашку о. Иоанн сразу же обращает внимание на отсутствие училища и в своём рапорте епархиальному архиерею сообщает, что он приступает к созданию такового (№ 21, 28-го августа 1824 г.)[9].
Примечательны его инструкции учителям-на-ставникам созданного им училища на время его отсутствия в миссионерских путешествиях. Так, брату своему псаломщику Стефану Вениаминову в своём наставлении от 6-го апреля 1825 г. он пишет:
«Занимаемую тобою при училище должность учителя исправлять прилежно, рачительно и, словом, как требует Бог, совесть и честь. Учеников телесно не наказывать»[10].
А через два года, опять отправляясь в миссионерское путешествие и на этот раз оставляя учителем-наставником служащего конторы Е. И. Власова, о. Иоанн даёт ему подробные инструкции, вновь добавляет знаменательную фразу «никого из учеников телесно не наказывать» и заканчивает так:
«… и я уверен, что ты все исполнишь по желанию моему и как требует честь и долг Христианина. И, если так, то, вероятно, не останется без признательности от начальства. И я, со своей стороны, также не премину засвидетельствовать пред оным твол усердие». 10 апреля 1827 г.[11]
В этом увещевании видна особая забота о. Иоанна об училище и его учениках.
Как преданный и просвещённый миссионер, отец Иоанн понимал важность распространения Слова Божьего среди местных людей на их родном языке. Поэтому он сразу же отдался трудному делу изучения их речи и созданию письменности для их языка, которой у них ещё не было. Он составил алфавит (используя буквы кириллицы), грамматику и словарь в 1200 слов алеутско-лисьевского языка и начал преподавать его в школе, способствовав этим поднятию самосознания туземцев.