Одним из наиболее заметных проектов МПГ стали исследования озера Эльгыгытгын в период 2007–2009 гг. Зимой 2008/09 г. была завершена активная фаза международного научно-исследовательского проекта «Глубокое бурение озера Эльгыгытгын». В проекте принимали участие Россия, Германия, США и Австрия.
Озеро Эльгыгытгын расположено в метеоритном кратере на Чукотке в 100 км к северу от Полярного круга. Возраст метеоритного кратера составляет 3,6 млн лет. Основными задачами проекта были: бурение всей толщи донных озерных отложений для непрерывной реконструкции климата за последние 3,5 млн лет; бурение метеоритной брекчии, подстилающей озерные осадки для исследования процессов формирования метеоритного кратера; бурение многолетнемерзлых пород в кратере озера для исследования истории формирования и развития мерзлоты.
Буровым работам предшествовал длительный подготовительный этап, включающий несколько международных экспедиций (1998, 2000, 2003 гг.), в рамках которых проводилось комплексное исследование этого уникального природного объекта.
Специально сконструированное, не имеющее аналогов оборудование для бурения озерных осадков было доставлено из США и впоследствии перешло в собственность Российской академии наук. В условиях полного отсутствия инфраструктуры на озеро были доставлены сотни тонн топлива и оборудования для организации работ и жизнеобеспечения. С октября 2008 г. по июнь 2009 г. на озере Эльгыгытгын функционировал научный поселок, где постоянно проживало около 40 человек, обеспеченный электричеством, транспортной техникой, всеми узлами жизнеобеспечения, спутниковой связью, доставленной из Германии мобильной лабораторией, специально оборудованными кернохранилищами с поддержанием необходимого температурного режима. По окончании работ поселок был полностью ликвидирован с проведением рекультивационных работ.
В результате проведенных работ были получены керны из всей толщи донных озерных отложений (315 м), подстилающей метеоритной брекчии (200 м) и многолетнемерзлых отложений в кратере озера (142 м).
Получен уникальный непрерывный ряд данных о развитии климата и природной среды Арктики за последние 3,5 млн лет, т. е. включающий весь четвертичный период и конец плиоцена.
Значительный комплекс палеогеографических исследований выполнен ААНИИ и другими организациями на о-ве Самойловский в дельте р. Лена в 2007–2008 гг. В течение 2–5 месяцев теплого периода года, используя инфраструктуру Государственного заповедника «Усть-Ленский», до 40 исследователей из России и Германии изучали историю развития дельты р. Лена и берегов моря Лаптевых в плейстоцене – голоцене, особенности русловых и береговых процессов на современном этапе развития дельты р. Лена. Также изучались микробиологические, химические, физические, гидрологические процессы в слое сезонного оттаивания грунта для определения интенсивности эмиссии парниковых газов в атмосфере. Эти работы являлись составной частью российско-германского проекта «Система моря Лаптевых».