Конец 1937-го – первая половина 1938 года – время резкого возрастания репрессий. Для ГУСМП и смежных организаций это усугублялось тем, что к началу зимы 1937-го года явно обозначился провал прошедшей арктической навигации. Сложные условия навигации и ее действительно плохая организационная и хозяйственная подготовка были усугублены тем, что лучшие ледоколы и почти вся авиация были брошены на поиски пропавшего экипажа С.А.Леваневского. Тщеславный любимец Сталина, он добился разрешения на амбициозный трансарктический перелёт, спешно и плохо подготовленный и трагически закончившийся не только для него, но и для десятков, если не сотен, полярников. Однако свою роль в провале навигации сыграла и деятельность «органов». В конце 1936 – январе-мае 1937 года, когда ГУСМП был занят работой по планированию и подготовке предстоящей навигации, и в июне-сентябре 1937 года, когда что-то можно было ещё исправить, было заметно «прорежено» руководство Управления и других работавших в Арктике организаций: арестованы И.А.Ландин (15 марта), М.Ф.Зяблов (5 апреля), М.Э.Плисецкий (30 апреля), И.Я.Резник (30 апреля), С.П.Нацериус (5 июля), И.Л.Баевский (7 августа), А.В.Воробьев и Д.И.Поляков (14 сентября), А.Н.Бобров (25 сентября), А.А.Стукатер (26 сентября) – все они были осуждены в январе 1938 года (см. ниже), при этом многим из них было предъявлено обвинение в срыве навигации, на языке чекистов – «вредительстве». В Мурманске в конце 1936 – начале 1937 года арестами была почти полностью разрушена система снабжения территориального управления ГУСМП и некоторых производственных арктических организаций.
Наиболее характерная реакция «органов» на провал навигации 1937 года видна в так называемом «деле гидрографов». С осени 1937 года в Гидрографическом управлении ГУСМП в Ленинграде начались увольнения и аресты. Последним, уже в мае 1938 года, был арестован вернувшийся с «зимовки трех кораблей» («Садко», «Малыгин», «Г.Седов») заместитель начальника управления Н.И.ЕВГЕНОВ. Всего же по «делу гидрографов» было арестовано 12 человек, в том числе начальник управления П.В.ОРЛОВСКИЙ, известные полярные гидрографы «челюскинец» П.К.ХМЫЗНИКОВ, Е.С.ГЕРНЕТ, «красинец» Ю.К.ПЕТРОВ. Их обвинили в измене родине и создании контрреволюционной диверсионно-террористической организации. Дело готовилось к передаче в Военную Коллегию, что, конечно, гарантировало смертный приговор. Однако чекистское рвение со сменой наркомов (Ежова сменил Берия) немного и ненадолго убавилось, в августе 1939 года дело рассматривал Военный трибунал Ленинградского военного округа и… направил его на доследование. Но дело затребовало Особое Совещание НКВД и без лишних разбирательств определило П.В.Орловскому и Н.И.Евгенову по восемь лет заключения, П.К.Хмызникову – пять, Е.С.Гернету и Ю.К.Петрову – по пять лет ссылки.