Ответственная задача была поставлена перед Днепровской военной флотилией (командующий – капитан 1 ранга В.В. Григорьев). Ее корабли должны были содействовать войскам 1-го Белорусского фронта при проведении наступательной операции в прибрежных районах рек Березина и Припять, поддерживая их огнем корабельной артиллерии и высадкой тактических десантов и диверсионных групп, осуществлять перевозку частей через водные преграды.
К этому времени флотилия насчитывала 23 бронекатера, 20 тральщиков, 13 сторожевых катеров, 10 катеров противовоздушной обороны, 26 полуглиссеров, одну 100-мм плавучую батарею, два зенитных артиллерийских дивизиона и другие отдельные сухопутные части и подразделения.
Значительную роль перед началом и в ходе операции «Багратион» должны были сыграть многочисленные партизанские отряды и соединения (1108 отрядов и 199 бригад), действовавшие на территории Белоруссии. На оккупированной врагом территории были целые зоны, находившиеся под контролем партизан: Полоцко-Лепельская, Бегомльско-Борисовская, Кличевская, Сененско-Оршанская, Ивенецко-Налибокская, Россонско-Освейская, Сурожская и др. В захваченных врагом городах и поселках действовала и целая армия подпольщиков, насчитывавшая около 70 000 человек.
Активные действия партизан вынудили командование группы армий «Центр» направить для борьбы с ними и охраны своих коммуникаций восемь охранных и учебно-полевых дивизий. Эти соединения были расположены в следующих районах: 281-я од – Полоцк, 201-я од – Лепель, 286-я од – Толочин, 221-я од – Вилейка, 203-я од – Давид-Городок, 52-я упд – Барановичи, 390-я упд – Столбцы, 391-я од – Глубокое. Кроме того, для этих целей было задействовано и значительное количество охранных и полицейских батальонов и тыловых подразделений группы армий «Центр», что было неоценимой помощью войскам Красной Армии, готовящимся перейти в наступление.
Учитывая многочисленность партизанских отрядов на территории Белоруссии, Ставка ВГК перед проведением операции «Багратион» поставила перед ними задачу дезорганизовать оперативный тыл войск группы армий «Центр», нарушив передислокацию имевшихся резервов. От партизан требовалось усилить разведывательную работу в тылу противника, постоянно докладывая в Москву получаемые данные о передвижении вражеских эшелонов с войсками и боевой техникой, о характере военных объектов и оборонительных сооружениях.