Начало Патриаршего служения почившего Первосвятителя пришлось на время быстрых и далеко не безболезненных перемен, связанных с прекращением существования единого государства на пространстве исторической Руси и с появлением новых суверенных государств, что нередко сопровождалось ростом межнациональных противоречий. Возникла принципиально новая политическая реальность, в которой Русская Православная Церковь была призвана не только к усердному миротворческому деланию, но и к рассмотрению вопросов о том, какие изменения в каноническом церковном устройстве, в системе церковной администрации позволят наиболее успешно осуществлять пастырское служение многим народам, составляющим ее паству. И прежде всего эти вопросы надо было решать по отношению к Украине, где ситуация была осложнена расколом, возникшим вследствие внесения политической стихии в церковную жизнь. Ответом Церкви стало создание института Самоуправляемых Церквей в лоне единого Московского Патриархата – Украинской, Молдавской, Латвийской, Эстонской. Каждая из них получила внутреннюю самостоятельность в осуществлении своего служения, в решении церковно-административных вопросов. При этом учитывались особенности, связанные с положением в той или иной стране, а также размеры и внутренний потенциал Самоуправляемой Церкви. Вместе с тем было сохранено соборное единство нашего общего Патриархата и самой Святой Руси – нашей общей цивилизации и духовной культуры, нашего общего исторического выбора, восходящего к святому равноапостольному князю Владимиру.
На протяжении минувших лет продолжалось совершенствование нашего церковного устройства, в котором гармоничным образом сочетаются единство и многообразие, самостоятельность и взаимная поддержка, уважение к современной политической реальности и к общей истории. В 2000 году Юбилейный Архиерейский Собор подвел основные итоги этого процесса, включив соответствующие изменения в Устав Русской Православной Церкви. А Архиерейский Собор 2008 года в определении «О единстве Церкви» единодушно подтвердил, что «единство Святой Руси является величайшим достоянием нашей Церкви и наших народов, сокровищем, которое мы будем хранить, отдавая все свои силы на преодоление искушений, соблазнов и попыток разделения». При этом было подчеркнуто, что «лишь при таком условии Русская Православная Церковь сможет и далее вносить свой уникальный и значительный вклад в общеевропейскую и мировую цивилизацию, убедительно свидетельствуя о ценностях православной духовной традиции».